2010/08 | 2010/09 | 2010/10
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30

2010年9月 1日

VMWare Server 2.0.2 vs. Kernel 2.6.34

今日も引き続き。

VMwareServer 2.0.2 on Linux Fedora 12 kernel 2.6.31(ref. Over 40's Blog iPhone, Mac, Linux, Running and football)

パッチについては↑というところに行き当たり、結局RPMで入れていたのは消してtar.gzからパッチと組み合わせて入れることに。

You do have the xinetd package...
You do have the kernel-headers package...
You do have the kernel-devel package...
You do have the gcc package...
You do have the patch package...
You do have the make package...

あ…なんかxinetdが勝手にインストールされた。それでも、なんかパッチがよかったのか前までにあててたパッチとは明らかにコンパイル時に出てくる警告の量が少ない。

なんか勝手にyumされたし、自分でもやっとくか…とyum updateしたら、カーネルが2.6.33.8-149.fc13.x86_64→2.6.34.6-47.fc13.x86_64になった。おおぃ…2.6.34になっちまったよ。2.6.33でさえまだうまくいってないのに!?

で、コンパイルはうまくいったけど。どうにもWebのコントロールパネルでログインができない現象は変わらず。ログが残らないから全然原因に近づけない。webaccessインターフェースのログで唯一頼りになりそうなファイルがhostd.logなのに、それに全然出力がされてない。vmwareのデーモンを止めようとするとハングするのは変わらず。

ハングしてるプロセスを強制終了させようとしてる時に気が付いた。

ひょっとして、ポート902と通信ができてない? それって、xinetdとかtigervnc-serverみたいに何か足りてない? 格闘はまだまだ続く。

ダウンロードしたVMはノートPCでひとまず活動再開。さすがに電源つけっぱなしにはできないので断続的な運用になるのは仕方ない…。

▲top

投稿者 ただ : 23:51 | トラックバック (0) カテゴリー ; mein Erbe

2010年9月 2日

VMWare Server 2.0.2 beats Kernel 2.6.34 on Fedora 13

なんか、ようやく事件の真相が見えてきた感が。

どうやらvmware-hostdがうまく動いていないため、接続ができなかったり、デーモンを停止するときにハングしたりする現象が起こることに。vmware-vimshを使うと、デーモンにアクセスすること(仮想マシンの操作)ができるらしいけど、接続ができない。おまけに1度でも接続を試みると、デーモンの停止時にハングする(逆にデーモンを立ち上げてすぐに停止する場合はちゃんと停止する)。

この問題は、gccのバージョンが4.2以上でコンパイルすると挙動がおかしくなる…とかいった情報があったりする。結局、突き当たったのはCentOS5でyum update後VMwareServer2管理コンソールが異常終了する(ref. 鯖管Changelog。--アメブロ支店)。ここにあるように、libcのバージョンが根源、ということらしい。

調べてみると、CentOS 5.3から5.4へのupdateで更新される glibc-2.5-42.x86_64.rpm でインストールされる libc-2.5.so と VMwareServerのvmware-hostdの組み合わせがまずいようだ。

というわけで、libc.so.6を古いバージョンにするべく↑を参考に作業開始。Fedoraの場合、libcのバージョンが2.5になってるRPMパッケージはFedora Core 6まで遡らないといけない。こんな古くて大丈夫やろうか? まぁとりあえずダウンロードするけど。

# rpm -Uvh --root=/tmp --nodeps glibc-2.5-18.fc6.x86_64.rpm
# mkdir /usr/lib/vmware/lib/libc.so.6
# cp -a /tmp/lib64/libc-2.5.so /usr/lib/vmware/lib/libc.so.6/
# cd /usr/lib/vmware/lib/libc.so.6/
# ln -s libc-2.5.so libc.so.6
# cd /usr/sbin/
# vi vmware-hostd

とまぁ、ここまではRPMの中のファイルを取り出して、VMWareのディレクトリ内にコピーして。そんでvmware-hostdを編集。

#!/bin/sh
#
# Wrapper for the real binary the script is named after. Ensure that the
# binary will find all the shared libraries it needs. If a shared library is
# not available from any of the standard system-wide locations, we provide it
# from the build directory.
LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib/vmware/lib/libc.so.6:$LD_LIBRARY_PATH
# (下線部を挿入)

# Append a (possibly empty) directory to LD_LIBRARY_PATH
vm_append_ld_path() {

いざ、デーモン起動。

# service vmware start
Starting VMware services:
Virtual machine monitor [ OK ]
Virtual machine communication interface [ OK ]
VM communication interface socket family: [ OK ]
Virtual ethernet [ OK ]
Bridged networking on /dev/vmnet0 [ OK ]
Host-only networking on /dev/vmnet1 (background) [ OK ]
DHCP server on /dev/vmnet1 [ OK ]
Host-only networking on /dev/vmnet8 (background) [ OK ]
DHCP server on /dev/vmnet8 [ OK ]
NAT service on /dev/vmnet8 [ OK ]
VMware Server Authentication Daemon (background) [ OK ]
Shared Memory Available [ OK ]
Starting VMware management services:
VMware Server Host Agent (background) [ OK ]
VMware Virtual Infrastructure Web Access
Starting VMware autostart virtual machines:
Virtual machines [ OK ]

無事起動。ブラウザでアクセスして、今度こそログインできるか挑戦…!! おっ! ログインできた!! これまで全く歯が立たなかったのに!!

# service vmware stop
Stopping VMware autostart virtual machines:
Virtual machines [ OK ]
Stopping VMware management services:
VMware Virtual Infrastructure Web Access
VMware Server Host Agent [ OK ]
Stopping VMware services:
VMware Authentication Daemon [ OK ]
VM communication interface socket family: [ OK ]
Virtual machine communication interface [ OK ]
Virtual machine monitor [ OK ]
Bridged networking on /dev/vmnet0 [ OK ]
Host network detection [ OK ]
DHCP server on /dev/vmnet1 [ OK ]
Host-only networking on /dev/vmnet1 [ OK ]
DHCP server on /dev/vmnet8 [ OK ]
NAT service on /dev/vmnet8 [ OK ]
Host-only networking on /dev/vmnet8 [ OK ]
Virtual ethernet [ OK ]

アクセスした後のデーモン停止も問題なく行けた!

ようやくゆっくり眠れる…。

▲top

投稿者 ただ : 20:02 | トラックバック (1) カテゴリー ; mein Erbe

2010年9月 3日

オープンにすべきでない情報を見極める力

巧妙化する「なりすまし犯罪」、サイバーと伝統的な手口から身を守る方法(ref. ITmediaエンタープライズ)

被害に遭わないためにすべきこと
1.休暇で家を空けるときは、FacebookやTwitterのようなSNSサイトに自分の居場所を投稿しないでください。なりすまし犯罪者があなたの不在を知る可能性があります
2.不在中は、友人や家族に定期的に郵便物を収集してもらってください。郵便物がたまっていると、なりすまし犯罪者のターゲットにされやすくなります
3.ホテルは主なターゲットになるため、部屋を離れる前には、必ずPCやスマートフォンをロックしてください
4.ホテルやインターネットカフェでセキュリティ対策の施されていないワイヤレスネットワークを使う際は、十分に注意してください。銀行口座の残高の確認や個人情報の入力を避けると同時に、メールやパスワードで保護されたWebサイトからは忘れずにログアウトしてください。また、インターネットカフェなどのPCは、個人情報を盗み出すマルウェアに感染している場合が多いことにも留意してください

まぁここまで無防備な人って日本には少ないとは思うけど…(そもそもmixiはわからんけど、FacebookとTwitterに住所は書かんやろうし)居場所を細かく書きすぎるのはよくないということですね。カンニングを自白した頭悪い人もいることはいるけど。
「なりすまし犯罪者があなたの不在を知る可能性があります」ってことは、犯人は顔見知りって線が強いってことにならんのかね?

▲top

投稿者 ただ : 21:39 | トラックバック (0) カテゴリー ; mein Erbe

2010年9月 4日

VMWare Server 2.0.2 worked on Fedora 13 without libc-2.5

libcのバージョンが合わないから動かないとみられていたVMWareですが、どうやらそうではないようで。再起動したらやっぱり動かず、ログインできなくなってた…。ログを見ると、libcのバージョンが低すぎるというエラーがやたらと記録されてた。おかげでWebインターフェースも動かない始末。

Sep 3 01:54:21 localhost VMware[init]: /bin/bash: /usr/lib/vmware/lib/libc.so.6/libc.so.6: version `GLIBC_2.11' not found (required by /bin/bash)
Sep 3 01:54:21 localhost VMware[init]: uname: relocation error: /usr/lib/vmware/lib/libc.so.6/libc.so.6: symbol _dl_tls_get_addr_soft, version GLIBC_PRIVATE not defined in file ld-linux-x86-64.so.2 with link time reference
Sep 3 01:54:21 localhost VMware[init]: /usr/sbin/vmware-hostd: line 71: [: !=: unary operator expected
Sep 3 01:54:21 localhost VMware[init]: uname: relocation error: /usr/lib/vmware/lib/libc.so.6/libc.so.6: symbol _dl_tls_get_addr_soft, version GLIBC_PRIVATE not defined in file ld-linux-x86-64.so.2 with link time reference
Sep 3 01:54:21 localhost VMware[init]: uname: relocation error: /usr/lib/vmware/lib/libc.so.6/libc.so.6: symbol _dl_tls_get_addr_soft, version GLIBC_PRIVATE not defined in file ld-linux-x86-64.so.2 with link time reference
Sep 3 01:54:21 localhost VMware[init]: /usr/sbin/vmware-hostd: line 71: [: !=: unary operator expected
Sep 3 01:54:21 localhost VMware[init]: /usr/sbin/vmware-hostd: line 71: [: !=: unary operator expected

プロセスを見ると、vmware-vimshで止まってしまってるのがデーモンの停止でハングする理由ということが判明。

root 7712 1 0 08:09 ? 00:00:04 /usr/lib/vmware/bin/vmware-hostd -a -d -u /etc/vmware/hostd/config.xml
root 8154 8064 0 19:42 pts/0 00:00:00 /bin/sh /sbin/service vmware stop
root 8159 8154 0 19:42 pts/0 00:00:00 bash /etc/init.d/vmware stop
root 8164 8159 0 19:42 pts/0 00:00:00 bash /etc/init.d/vmware stop
root 8165 8164 0 19:42 pts/0 00:00:00 /usr/lib/vmware/bin/vmware-vimsh -r -n -e hostsvc/connect localhost 902; hostsvc/login; hostsvc/autostartmanager/autostop

でも、よくわからんのよな。結局、VMWareを再コンパイル(vmware-config.pl)、SELinuxを完全に切って(disabled)起動したら問題なく動いたけど…今度はゲストOSのネットワーク接続(ブリッジ)ができない。なんなんだこの問題続き。

デーモンのステータス表示でHost network detection is not runningとなってるのがおかしいと思っていろいろ調べてたけど、そうでもなさそう。結局、またvmware-config.plのやり直し。vmnet関連のモジュールがおかしいとは思うんやけど…

# service vmware status
Bridged networking on /dev/vmnet0 is running
Host network detection is not running
Host-only networking on /dev/vmnet1 is running
DHCP server on /dev/vmnet1 is running
Host-only networking on /dev/vmnet8 is running
DHCP server on /dev/vmnet8 is running
NAT networking on /dev/vmnet8 is running
Module vmmon loaded
Module vmnet loaded

# lsmod
Module Size Used by
vmnet 39549 17
vsock 19986 0
vmci 48231 3 vsock
vmmon 66457 13

# ps -ef | grep vm
root 4189 1 0 00:36 ? 00:00:40 /usr/lib/vmware/bin/vmware-hostd -a -d -u /etc/vmware/hostd/config.xml
root 5690 1 0 09:37 ? 00:00:00 /usr/bin/vmnet-bridge -d /var/run/vmnet-bridge-0.pid -n 0 -i eth0
root 5701 1 0 09:37 ? 00:00:00 /usr/bin/vmnet-dhcpd -cf /etc/vmware/vmnet1/dhcpd/dhcpd.conf -lf /etc/vmware/vmnet1/dhcpd/dhcpd.leases -pf /var/run/vmnet-dhcpd-vmnet1.pid vmnet1
root 5718 1 0 09:37 ? 00:00:00 /usr/bin/vmnet-dhcpd -cf /etc/vmware/vmnet8/dhcpd/dhcpd.conf -lf /etc/vmware/vmnet8/dhcpd/dhcpd.leases -pf /var/run/vmnet-dhcpd-vmnet8.pid vmnet8
root 5723 1 0 09:37 ? 00:00:00 /usr/bin/vmnet-natd -d /var/run/vmnet-natd-8.pid -m /var/run/vmnet-natd-8.mac -c /etc/vmware/vmnet8/nat/nat.conf
root 5980 1 0 09:37 ? 00:00:00 /usr/sbin/vmware-authdlauncher
root 5990 1 0 09:37 ? 00:00:00 /bin/sh /usr/bin/vmware-watchdog -s webAccess -u 30 -q 5 /usr/lib/vmware/webAccess/java/jre1.5.0_15/bin/webAccess -client -Xmx64m -XX:MinHeapFreeRatio=30 -XX:MaxHeapFreeRatio=30 -Djava.util.logging.manager=org.apache.juli.ClassLoaderLogManager -Djava.endorsed.dirs=/usr/lib/vmware/webAccess/tomcat/apache-tomcat-6.0.16/common/endorsed -classpath /usr/lib/vmware/webAccess/tomcat/apache-tomcat-6.0.16/bin/bootstrap.jar:/usr/lib/vmware/webAccess/tomcat/apache-tomcat-6.0.16/bin/commons-logging-api.jar -Dcatalina.base=/usr/lib/vmware/webAccess/tomcat/apache-tomcat-6.0.16 -Dcatalina.home=/usr/lib/vmware/webAccess/tomcat/apache-tomcat-6.0.16 -Djava.io.tmpdir=/usr/lib/vmware/webAccess/tomcat/apache-tomcat-6.0.16/temp org.apache.catalina.startup.Bootstrap start
root 5999 5990 0 09:37 ? 00:00:50 /usr/lib/vmware/webAccess/java/jre1.5.0_15/bin/webAccess -client -Xmx64m -XX:MinHeapFreeRatio=30 -XX:MaxHeapFreeRatio=30 -Djava.util.logging.manager=org.apache.juli.ClassLoaderLogManager -Djava.endorsed.dirs=/usr/lib/vmware/webAccess/tomcat/apache-tomcat-6.0.16/common/endorsed -classpath /usr/lib/vmware/webAccess/tomcat/apache-tomcat-6.0.16/bin/bootstrap.jar:/usr/lib/vmware/webAccess/tomcat/apache-tomcat-6.0.16/bin/commons-logging-api.jar -Dcatalina.base=/usr/lib/vmware/webAccess/tomcat/apache-tomcat-6.0.16 -Dcatalina.home=/usr/lib/vmware/webAccess/tomcat/apache-tomcat-6.0.16 -Djava.io.tmpdir=/usr/lib/vmware/webAccess/tomcat/apache-tomcat-6.0.16/temp org.apache.catalina.startup.Bootstrap start
root 6190 1 0 09:37 ? 00:00:00 /usr/bin/vmnet-netifup -d /var/run/vmnet-netifup-vmnet1.pid /dev/vmnet1 vmnet1
root 6202 1 0 09:37 ? 00:00:00 /usr/bin/vmnet-netifup -d /var/run/vmnet-netifup-vmnet8.pid /dev/vmnet8 vmnet8
root 6638 2 0 16:53 ? 00:00:01 [vmware-rtc]

なんか今日の昼間外に出て、帰ってきてやってみたらうまくブリッジ接続できてた。いったい何なのかこのトラブル続きのVMWare…。安定せんなぁ。

▲top

投稿者 ただ : 17:59 | トラックバック (0) カテゴリー ; mein Erbe

2010年9月 5日

ハンズオンは難しい

昨日の話ですが。

明け方までVMwareと闘って心が折れたあとは昼からAndroid初心者講習会に参加するのと、その前のDeveloper's cafeに行きました。Developer's cafe というのは、ネットと電源が用意されている空間で、気軽に来たい人が機材持参でやって来てプログラムの開発とかをやってもいいみたいなものなんですが、サークルみたいな感覚でゆるーくていい。アメリカとかではよくあるそうで。別に開発するんだけじゃなくて、世間話とか悩み相談とか、普通なら飲み会みたいなところでしか話す機会がないようなこともこの場でできるし。
といっても、今回が正式には初やし、神戸支部はできてまだ間もないので場所を提供いただけてるだけでとてもラッキーなことなんやけど。場所を借りたりするのでも、無償でとなればそれなりの目的がないと借りられないし。実質1時間程度しかなかったので講師の方が講習会の準備(CD 焼き)とかspモードってアレだよねとかそんなことを。
このまま地道に、継続的な活動を続けていけば、神戸支部の独特な活動として認知されていくのでしょうね。

継続とか活動とか、どっかで聞いたような言葉やけども。

で、昼からは初心者向け講習会ということで無謀にもアシスタントの役を受けてしまったわけですが。Windowsで環境構築したことないくせに。1回目…いや0回目になる今回は環境構築でした。参加者の皆さんは、たいていはもうすでにEclipseを使ったことがあるといったような方ばっかりで、問題なく進むんやろうなーと思ってたんやけど。

そう簡単ではなかった。しかも僕の想定外なことばっかりやし。逆に使用歴があっても完全に使いこなせていない人が、新たに使い方を身に付けようと思って人の指示に従ってると嵌まるんやなということがよく見えた、そんな講習会やった。おかげで自分がこれまで知らなかったトラブルも見ることができた。全然役立たずでなんか申し訳なかった。

▲top

投稿者 ただ : 11:38 | トラックバック (0) カテゴリー ; お出かけ

2010年9月 6日

vs 睡魔 in 奈良

奈良にまたやってっきました。
今日はある意味重要な会になるんじゃなかろうかと思っているわけなのですが、下っぱには半分どうにでもなれ感が強い。
昼ごはんはいつものように天一に行ったけど、やはり食べたあとに襲ってくる睡魔が手強すぎた。

会が始まったらあとはずっと暗くて、耐え続けたので右のこめかみ辺りが痛い…。

▲top

投稿者 ただ : 19:02 | トラックバック (0) カテゴリー ; 仕事関係

2010年9月 9日

xrdp0.5.0 / Fedora13 tigervnc-server update causes ...

Fedora13でxrdp 0.5.0を現在使ってますが、ふとしたタイミングでコロンが入力できなくなったことに気が付きかなり焦った。なんでかコロンがセミコロンに!! viで終了できない!!

よくよく思い出してみると、なんかtigervnc-serverがアップデートされたようなそんな表示があった気がする。

tigervnc-server.x86_64 0:1.0.90-0.13.20100420svn4030.fc13 causes colon change into semicolon and "@" into "2" on the Japanese keyboard of type JP106.

間違ってアップデートしてしまったら yum downgrade tigervnc-server を。tigervnc-server危険。

▲top

投稿者 ただ : 01:22 | トラックバック (0) カテゴリー ; プログラミングとか

xrdp0.5.0 / Fedora13 arrow trouble keeps ...

tigervnc-serverをダウングレードして、セミコロンしか出てこない問題は解決したけど…不思議なことに矢印キーを押すとABCDとかいう文字が出てくるわ、コロンを押し続けると最初の1つだけコロンでその後ずっとセミコロン、とかわけのわからん現象は継続中。なんかほかのプログラムが更新されたのが影響してるのか!? 前に入れてたFedora10でやってみたけどやっぱり再現しないし。アップデートする前までは矢印も普通に使えてたからなぁ。いったい何なのか。

しかも、昨日はCDドライブがFedora13のファイラー(Nautilus)からマウントできない…このバグに似てるっぽい。コマンドラインから焼くことはできたけど、Nautilusの「コンピュータ」に出てくるアイコンの「ファイルシステム」以外は全滅(「場所をマウントできません」-「Not authorized」のエラーしか出ない)。

CD焼くのはしゃあないからコマンドラインからとして、旧HDDのマウントをやってあとはもうSSHからってことにしようかな。デスクトップを表示してやらんとあかんことはほとんどないし(あったら便利程度)。

▲top

投稿者 ただ : 22:34 | トラックバック (0) カテゴリー ; プログラミングとか

2010年9月11日

初学者がアシスタントなんて

昨日の晩は環境の構成をいろいろ練ってたせいで夜が更け目も痛くなり、そんで起きたら9時前。今日はAndroidの勉強会(第2回)に行くことになってるけど、午前は何もないので慌てることにならなくてよかった。

けど…いつもよりゆったりしてるもんで山本通を歩いてたら開催場所が分からなくなった。(爆

環境構築も終わったということになってるので今回からは実際のアプリ作りに突入でした。メモ帳アプリということで、レイアウトをやったんですが…なんかアシスタント扱いになってしまってて大変恐縮。ほぼAndroidアプリ知識レベル0やのに。

それでも、なんとか直前にもらった資料を見てレイアウトのところは大体感覚は掴めた。ウィジェットがどんなんあるとか、そんなんは別として。まぁそんなんだから対して何もアシスタントらしいことはできず…それでも最初にアシスタントとして紹介されてしまったがために何もしないわけにもいかず。歩き回っては初心者じゃない受講生と雑談して勉強させてもらった。ええんか?(双方

fill_parentとgravityとweightが重要ということは分かった。XMLで書くことにはなってるけど、並べ方としてはもうほとんど.netのフォーム(FlowLayoutとかTableLayout)と同じ感覚やなぁ。それをどれだけ思ったようにXMLに落とし込めるか。ってところかな。

▲top

投稿者 ただ : 21:02 | トラックバック (0) カテゴリー ; お出かけ

2010年9月12日

最近の外貨事情(2010.05-08)

だいぶ夜が涼しく感じられるようになってきた…けどなんか今日は蒸すのでまだ窓を開けて寝られるような状況でもなく。

と、あんまり書くことがないので前回に引き続き全然タッチしてない外貨の状況でも。

まぁつぎ込むお金がないということもあり、どっちに動くか読みにくい状況では頻繁に取引する必要が出てきそうなのでそう易々とは手を出せない。最近はなんかシストレとかいうのもあるけど、シストレするにも慣れんとあかんしなぁ。優れたアルゴリズムのパッケージなんかもあるからそれを使えばええっていえばそれはそれで間違いではないけど、なんかなー負けた気がするんよな。プログラマーとして。

AUD/JPYとZAR/JPYは比較的安定して去年の初夏と同じ水準。なのになんでいらんところ手を出して全部カットしてもたんやろう。盆の飲み会で「FXは?」と聞かれて休んでると言ったら「何買ったらいい?」と聞かれたんで「ユーロ売り」と言ったら、動きは当たってたからまだ勘は衰えていないなぁということは分かったけど…資金がなぁ。

で、こちらは現在も注力中の株式。今年1月末の資産残高を100にしたグラフに書き換えた。現物は利益を減らしていても赤に逆戻りというのだけは辛うじて避けてる。けど信用は積みすぎたのでえらいことになってる(現在進行形)。業績が比較的いいところ中心に買ってるから値動きはそれほど日経に影響を受けることはないんやけど、ただそれでもここまで下がられるとねぇ…。

▲top

投稿者 ただ : 21:27 | トラックバック (0) カテゴリー ; mein Erbe

2010年9月13日

VMware USB Arbitration Serviceへの接続に失敗しました (VMware Player 3.1.0)

ノートPCで飼ってるFedora(VMware Player 3.1.0)にUSBコントローラを追加して起動したら、なんかUSBが機能してないみたいなことを言われて困惑中。

メッセージログを見たら「VMware USB Arbitration Service への接続に失敗しました。」とか書いてある。先生曰く、AMD USB Filter Driveをアンインストールすべしとか…そんなものこのPCには無縁です。ATIも入ってないし。代わりにXPERIA接続したときのソニエリのドライバが入ってるけど。無効にしても変化なく、VMware USB Arbitration Serviceの開始に失敗する。

RootHubに組み入れられたドライバをそれだけ外すなんてできそうにないんですが。何度やってもVMware USB Arbitration Serviceを開始できない。んで…何気なくアップグレードの確認をしたら3.1.1があるとか。

VMware Player 3.1.1 の特長は、次のとおりです。

·USB サービスが開始されず、仮想マシン内で USB デバイスが機能しなくなる問題が解決されています

·仮想マシンの操作中に、ホストのクラッシュが発生した後で表示されていたエラー メッセージが修正されています

·VMDK の複数のパーティションを、書き込みアクセスを使用してホスト マシンへとマッピングできるようになりました

詳細については、Player 3.1.1 のリリース ノートを参照してください。

おぉ、これはもしや。アップデートしたけど、結局USBは使えなかった。問題としては、

VMware USB Arbitraction Service - Solution for Sony Ericsson seehcri driver problem (Error 31A)(ref. VMware communities)

ということが確定。

ログの名前: System
ソース: hcmon
日付: 2010/09/13 22:11:10
イベント ID: 0
タスクのカテゴリ: なし
レベル: 警告
キーワード: クラシック
ユーザー: N/A
コンピューター: XXXXXX
説明:
Detected unrecognized USB driver (\Driver\seehcri).
イベント XML:
<Event xmlns="http://schemas.microsoft.com/win/2004/08/events/event">
<System>
<Provider Name="hcmon" />
<EventID Qualifiers="32768">0</EventID>
<Level>3</Level>
<Task>0</Task>
<Keywords>0x80000000000000</Keywords>
<TimeCreated SystemTime="2010-09-13T13:11:10.167644200Z" />
<EventRecordID>15973</EventRecordID>
<Channel>System</Channel>
<Computer>XXXXXX</Computer>
<Security />
</System>
<EventData>
<Data>\Device\hcmon</Data>
<Data>\Driver\seehcri</Data>
<Binary>00000000020028000000000000000080000000000000000000000000000000000000000000000000</Binary>
</EventData>
</Event>

デバイスマネージャからドライバのファイル名確認したら、「\Driver\seehcri」じゃなくて「\Drivers\seehcri.sys」になってるのに。ソニエリ!!

最後にSony Ericsson Windows driver problem(ref. Developer IT)からひとこと。

What should I do? How can I safely remove the driver?

▲top

投稿者 ただ : 23:27 | トラックバック (1) カテゴリー ; プログラミングとか

プルキンエ細胞が作れるとは

久々のライフサイエンスネタ。

ES細胞から小脳神経 神戸の理研、マウスで成功(ref. 神戸新聞)

おぉ…。プルキンエ細胞に分化させられるようにできるのと、移植後のプルキンエ細胞がちゃんと生きてるのは重要ですね。iPS細胞への応用に期待がかかるところ。まぁまだ3割程度ってことやから率を上げることのほうが先なんかもしれんけど。どんなぐらいの難易度やったのか六車さんに聞いてみたいところ。

▲top

投稿者 ただ : 23:29 | トラックバック (0) カテゴリー ; 生命科学

2010年9月14日

VMware USB Arbitration Service 復活篇

なんとかVMware Player(Windows7)でUSBを使うのにソニエリのUSB Root Hubドライバ(seehcri.sys)が邪魔をしている件は解決の道筋が立ったっぽい。他のサイトで言われているような、ルートハブドライバの「ロールバック」ができなかったのが一番のネックやったんやけど。「ロールバックってなに?」な状態やったし。

とりあえずデバイスマネージャ。

そんで、USB Root Hubのドライバを更新する(僕のは2つあるので、2つとも)。

下の「コンピューターを参照してドライバーソフトウェアを検索します」を選択。ここで上を選んでも既に最新なので更新されない。

「コンピューター上のデバイスドライバーの一覧から選択します」を選択。

「互換性のあるハードウェアを表示」のチェックをはずすと、最適なのはソニエリと出ているけども、それを無視。
つまりはチェックを入れた状態ではソニエリのドライバが選択されている。

「(標準USBホストコントローラー)」から、「USB Root Hub」を選ぶ。

VMware USB Arbitration Serviceサービスを開始する。これで無事VMware Playerを起動したときにUSBが使えるように。問題としてありえるのは、XPERIAのアップデートをするときに問題なく使えるか…だな。

▲top

投稿者 ただ : 12:18 | トラックバック (0) カテゴリー ; プログラミングとか

2010年9月15日

FuseFS、gemファイルがあった

FUSEはSSHFSで随分とお世話になってるんやけど、自分でも作れたら面白いかもと思ってそのための調査。Rails使えば↓みたいなのもできるみたいやし。

RESTなWebサービスをマウントするRESTファイルシステム、FUSEで作ってみた(ref. blog.tkmr.org)

fuse-pythonはyumでインストールができることが判明、けど、Rubyでやろうと思ったらFuseFSなるものがあるけどみんななんかソースからインストールしてるんですが…gemないの? と思ってコマンド打ってみたら普通に出てきた。しかもRubyForgeよりも新しい。

# gem list fusefs -r

*** REMOTE GEMS ***

fusefs (0.7.0)
fusefs-osx (0.7.0)

# yum list *fuse*
読み込んだプラグイン:refresh-packagekit
インストール済みパッケージ
fuse.i386                             2.8.1-1.fc10                        @updates
fuse-libs.i386                        2.8.1-1.fc10                        @updates
fuse-sshfs.i386                      2.2-5.fc10                          @updates
利用可能なパッケージ
afuse.i386                            0.2-4.fc10                          updates
diffuse.noarch                        0.3.4-3.fc10                        updates
fuse-afp.i386                        0.8.1-2.fc10                        updates
fuse-convmvfs.i386                    0.2.4-7.fc10                        fedora
fuse-devel.i386                      2.8.1-1.fc10                        updates
fuse-emulator.i386                    0.10.0.2-1.fc10                    updates
fuse-emulator-utils.i386              0.10.0.1-1.fc10                    updates
fuse-encfs.i386                      1.5-10.fc10                        updates
fuse-gmailfs.noarch                  0.8.0-1.fc9                        fedora
fuse-python.i386                      0.2-8.fc10                          fedora
fuse-s3fs.noarch                      0.7-1.fc10                          fedora
fuse-smb.i386                        0.8.7-4.fc10                        fedora
fuse-zip.i386                        0.2.7-1.fc10                        updates
fusecompress.i386                    1.99.19-2.fc10                      fedora
fuseiso.i386                          20070708-6.fc10                    updates
gvfs-fuse.i386                        1.0.3-10.fc10                      updates
hadoop-0.20-fuse.i386                0.20.1+169.89-1                    cloudera-testing
ifuse.i386                            0.9.3-4.fc10                        updates
libconfuse.i386                      2.6-1.fc9                          fedora
libconfuse-devel.i386                2.6-1.fc9                          fedora
zfs-fuse.i386                        0.5.0-7.20081221.fc10              updates

Fedoraの場合はすでにあるいろんなFUSEプログラムがyumでインストールできるみたいやね。ほかにもgitfs - Project Hosting on Google Code(pre-release)とかもあって面白そう。

▲top

投稿者 ただ : 00:38 | トラックバック (0) カテゴリー ; プログラミングとか

Fedora on VMware にXPERIA接続

昨日、朝っぱらからポートライナーのとある駅で3つある改札の真ん中が故障したらしく修理中やった。そのため乗客がいつになく長蛇の列を作ってて…帰りに見ると依然として修理作業中やった。…かれこれ9時間は経ってると思うけど? と今日は出る方向への切符投入口が封鎖されてた。回復できなかったらしい。ということで今日も長蛇の列。
さらに僕が出る時間帯にもう1基がエラーで改札を閉じてしまったもんだから、実質稼動してる改札は1基に。大変だこれは。…と思ったけど、帰りに見たら3基とも無事やった。よかった、明日出られなくなるかと思った。

Windows仮想プリンタプログラムを作ってみる(ref. KLab:DSAS開発者の部屋)

今日の思い付きメモは仮想プリンタドライバ。印刷すると見せかけて、PDFやら画像ファイルを作るアレです。ユニバーサルプリンタドライバを使うと自分でオーバーライドできるんやね…。Linuxでも同じことをするにはどうしたらええんやろう、と思って考えたら、Linuxの場合はドライバとか関係なく普通にプログラムを作ればええんか? いや、印刷としてやるにはどうするんやろう。

さて。昨日までUSBをVMゲストで使えるようにするために闘って、ようやく使えるようになったので飼っているFedoraについにAndroid端末を接続してみようとやってみた。

ん…認識してくれん。adb devicesとやっても「???????????? no permissions」とか出てくるんやけど。Windowsの場合はなんかドライバをインストールするとかいろいろなところに書いてあるのにLinuxとなるとあまり情報ない。

わかりました、公式サイトにやり方ちゃんと書いてあったんやね。初めてudev/rules.dのファイルを自分で作った。VMゲストでネットワークのMACアドレスが変わった時にはこの中のファイルを編集することがあるけど…。

VMを再起動しても正常に認識しなくて困ったけど、Eclipseを起動したときに走るadb start-serverが一般ユーザーなので接続されたXPERIAを認識できないんだということが判明。Eclipseを起動する前に、rootでadb start-serverをする必要がある。
なおEclipse起動中に途中でadbのデーモンを切ってしまうとEclipseが勝手にadbのデーモンを再起動させてしまい、その実行ユーザーが一般ユーザーなのでXPERIAを再び認識できない状況に陥るので注意。adbにroot+suidするか? (…いやそこまでの程の事でもないと思うんよなぁ)

(上の絵はようやくつないだXPERIAでUSBデバッグをしている時のキャプチャ画像を保存するところ)

▲top

投稿者 ただ : 23:59 | トラックバック (0) カテゴリー ; プログラミングとか

2010年9月16日

犯人はこの中にいる!?

この前からxrdp(0.5.0)経由のキー入力がFedora13でおかしくなる件、ログを見直してみた。とりあえずFedora13をVMにインストールして最新の状態にしたうえでキー入力がおかしくなるか確認したら、やっぱり再現したんでVNC server関連が何か悪さをしてるんかなぁと予想してるけど。

Aug 30 18:36:32 Installed: lzo-minilzo-2.03-3.fc12.x86_64
Aug 30 18:36:33 Installed: libvncserver-0.9.7-3.fc12.x86_64
Aug 30 18:36:34 Installed: xorg-x11-server-Xvfb-1.8.2-3.fc13.x86_64
Aug 30 18:36:34 Installed: x11vnc-0.9.8-14.fc13.x86_64
Aug 30 18:40:32 Installed: xorg-x11-fonts-misc-7.2-9.fc12.noarch
Aug 30 18:40:34 Installed: tigervnc-server-1.0.90-0.12.20100420svn4030.fc13.x86_64

Sep 02 00:23:54 Updated: evolution-data-server-2.30.3-1.fc13.x86_64
Sep 02 00:23:56 Updated: policycoreutils-2.0.83-20.fc13.x86_64
Sep 02 00:23:57 Updated: file-libs-5.04-6.fc13.x86_64
Sep 02 00:23:58 Updated: file-5.04-6.fc13.x86_64
Sep 02 00:24:46 Updated: policycoreutils-python-2.0.83-20.fc13.x86_64
Sep 02 00:24:48 Updated: gtkhtml3-3.30.3-1.fc13.x86_64
Sep 02 00:25:25 Updated: evolution-2.30.3-1.fc13.x86_64
Sep 02 00:25:26 Installed: opencc-0.1.1-1.fc13.x86_64
Sep 02 00:25:27 Updated: libfprint-0.2.0-1.fc13.x86_64
Sep 02 00:26:17 Updated: selinux-policy-3.7.19-51.fc13.noarch
Sep 02 00:26:18 Updated: vlgothic-fonts-common-20100818-1.fc13.noarch
Sep 02 00:26:19 Updated: fprintd-0.2.0-1.fc13.x86_64
Sep 02 00:26:19 Updated: 1:control-center-filesystem-2.30.1-3.fc13.x86_64
Sep 02 00:26:25 Updated: ibus-pinyin-db-open-phrase-1.3.10-1.fc13.noarch
Sep 02 00:26:25 Updated: ibus-pinyin-1.3.10-1.fc13.x86_64
Sep 02 00:26:29 Updated: 1:control-center-2.30.1-3.fc13.x86_64
Sep 02 00:26:30 Updated: fprintd-pam-0.2.0-1.fc13.x86_64
Sep 02 00:26:37 Updated: empathy-2.30.3-1.fc13.x86_64
Sep 02 00:26:38 Updated: xorg-x11-xinit-1.0.9-18.fc13.x86_64
Sep 02 00:26:48 Installed: kernel-2.6.34.6-47.fc13.x86_64
Sep 02 00:26:51 Updated: vlgothic-p-fonts-20100818-1.fc13.noarch
Sep 02 00:26:56 Updated: vlgothic-fonts-20100818-1.fc13.noarch
Sep 02 00:26:57 Updated: policycoreutils-gui-2.0.83-20.fc13.x86_64
Sep 02 00:27:40 Updated: selinux-policy-targeted-3.7.19-51.fc13.noarch
Sep 02 00:27:45 Updated: evolution-help-2.30.3-1.fc13.noarch
Sep 02 00:27:46 Updated: file-devel-5.04-6.fc13.x86_64
Sep 02 00:27:47 Updated: evolution-data-server-devel-2.30.3-1.fc13.x86_64
Sep 02 00:27:48 Updated: perf-2.6.34.6-47.fc13.noarch
Sep 02 00:27:51 Updated: kernel-headers-2.6.34.6-47.fc13.x86_64
Sep 02 00:28:22 Installed: kernel-devel-2.6.34.6-47.fc13.x86_64

Sep 08 22:30:41 Updated: libcollection-0.4.0-21.fc13.x86_64
Sep 08 22:30:42 Updated: 1:NetworkManager-glib-0.8.1-6.git20100831.fc13.x86_64
Sep 08 22:30:44 Updated: 1:NetworkManager-0.8.1-6.git20100831.fc13.x86_64
Sep 08 22:30:45 Updated: libini_config-0.5.0-21.fc13.x86_64
Sep 08 22:30:46 Updated: libdhash-0.4.0-21.fc13.x86_64
Sep 08 22:30:46 Updated: sssd-client-1.2.2-21.fc13.x86_64
Sep 08 22:30:47 Updated: systemtap-runtime-1.3-2.fc13.x86_64
Sep 08 22:30:48 Updated: python-slip-0.2.13-1.fc13.noarch
Sep 08 22:30:52 Updated: systemtap-1.3-2.fc13.x86_64
Sep 08 22:30:54 Updated: sssd-1.2.2-21.fc13.x86_64
Sep 08 22:31:03 Updated: 1:NetworkManager-gnome-0.8.1-6.git20100831.fc13.x86_64
Sep 08 22:31:04 Updated: 1:xorg-x11-drv-nouveau-0.0.16-8.20100423git13c1043.fc13.x86_64
Sep 08 22:31:05 Updated: tigervnc-server-1.0.90-0.13.20100420svn4030.fc13.x86_64
Sep 08 22:31:06 Updated: 1:net-snmp-libs-5.5-16.fc13.x86_64
Sep 08 22:31:07 Updated: usb_modeswitch-1.1.4-1.fc13.x86_64
Sep 08 22:31:08 Updated: usb_modeswitch-data-20100817-1.fc13.noarch
Sep 08 22:31:08 Updated: report-config-bugzilla-redhat-com-0.20-0.fc13.x86_64
Sep 08 22:31:09 Updated: report-plugin-bugzilla-0.20-0.fc13.x86_64
Sep 08 22:31:09 Installed: report-config-ftp-0.20-0.fc13.x86_64
Sep 08 22:31:10 Installed: report-plugin-ftp-0.20-0.fc13.x86_64
Sep 08 22:31:10 Updated: report-config-scp-0.20-0.fc13.x86_64
Sep 08 22:31:10 Updated: report-plugin-scp-0.20-0.fc13.x86_64
Sep 08 22:31:11 Updated: report-0.20-0.fc13.x86_64
Sep 08 22:31:11 Updated: report-plugin-localsave-0.20-0.fc13.x86_64
Sep 08 22:31:12 Updated: report-config-localsave-0.20-0.fc13.x86_64
Sep 08 22:31:13 Updated: system-config-network-tui-1.6.1-1.fc13.noarch
Sep 08 22:31:14 Updated: system-config-network-1.6.1-1.fc13.noarch
Sep 08 22:31:15 Updated: report-gtk-0.20-0.fc13.x86_64
Sep 08 22:31:15 Updated: python-slip-gtk-0.2.13-1.fc13.noarch
Sep 08 22:31:16 Updated: python-slip-dbus-0.2.13-1.fc13.noarch

Sep 09 01:09:46 Installed: tigervnc-server-1.0.90-0.8.20100219svn3993.fc13.x86_64

この中にキー入力をおかしくした犯人が!!

…再インストールしたtigervnc-serverのバージョンが古いのか? それかまた別のパッケージが邪魔してるのか…。

▲top

投稿者 ただ : 22:18 | トラックバック (0) カテゴリー ; プログラミングとか

2010年9月18日

飲み込む前から注がれる

Androidの講習会の3回目に行ってきました…本当はDBアクセス等の話だったらしいのですが先週分量的に間に合わなかったListViewの話ということで聞いてきた。が…すでにもう話が込み入りすぎていて理解が及ぶ前に別のことに話が進むという状態に。

個人的には、インデックスだけさらっと話しておいてもらってあとからPDFで見ると詳しく書いてあるというような内容のほうが良かったりもするんやけど、大学の授業みたいに細かく言われたほうがいいのかなぁ。細かく言わないほうがいいっていうわけじゃないけど。

コードを打つ(実践する)演習の時間が割かれていることもよかったことはよかった。僕はコードを打つのに諳じゃあんまりやらない(ネットが必須な体になってしまって悲しい)んで、あんまり意味がないんやけど…。

▲top

投稿者 ただ : 22:57 | トラックバック (0) カテゴリー ; お出かけ

2010年9月20日

腰を引きずりボウリング

昨日は散髪のついでにばあちゃんちに寄ってきたわけだが。3週間ぐらい前に行ったときには猛暑のせいか畑の手入れが放置されてて、今度行ったら草でも刈ろうか…と草を刈るつもりが、涼しくなったおかげか草は随分と刈られた後だった。てなわけで、鍬を持つことになったわけだが。

…何年も鍬を振ってないのでものの10分もしないうちに汗だくになって息が切れる。弱すぎ。

それでも30分以上土を掻いたんで、今日はやはりというか筋肉痛が。しかも腰が曲げられないぐらいに強烈なやつが。そして若干腹筋も。というか腹筋よりも腰のほうが重傷なんて初めてかも。

そんな中、心斎橋まで組のボーリング。辿り着けるかほんまに不安やったけど、まぁ辿り着けてよかった。スコアは想像に難くなくボロボロやった。それでも1ゲーム目は139とか出るとは思わんかった。

▲top

投稿者 ただ : 22:05 | トラックバック (0) カテゴリー ; お出かけ

2010年9月21日

Blast 2.2.24+のインストール

なんか久しぶりにblastプログラムをダウンロードしてみようとしたら、"+"なんてのが付いてた。2.2.24+が最新らしいが…"+"ってなんじゃらほい。

A new article, BLAST+: architecture and applications, describes improvements for long sequences as well as other new BLAST features.

The BMC Bioinformatics article is available from http://www.biomedcentral.com/1471-2105/10/421/abstract and discusses changes to search chromsome length database sequences and long queries faster. The article also describes database masking, a more modular design, and new command-line applications.

どうやら染色体レベルの長い配列に対する検索やら長い配列での検索にも速度的な改善を施した新バージョンらしい。昨日、普通にconfigureしてインストールしたら、全然インストールが終わらないどころか、数GBしか用意してなかったVMは容量オーバーと言われてしまい。しゃあないから容量を拡張して(VMware Player 3になってからHDDの拡張がめちゃ楽になって素晴らしい!)再挑戦。

$ ll -h /usr/local/bin/
合計 3.5G
-rwxr-xr-x. 1 root root 101M 2010-09-21 19:48 bdbloader_unit_test
-rwxr-xr-x. 1 root root 139M 2010-09-21 19:48 blast_format_unit_test
-rwxr-xr-x. 1 root root 150M 2010-09-21 19:48 blast_formatter
-rwxr-xr-x. 1 root root 58M 2010-09-21 19:48 blast_services_unit_test
-rwxr-xr-x. 1 root root 158M 2010-09-21 19:49 blast_unit_test
-rwxr-xr-x. 1 root root 89M 2010-09-21 19:49 blastdb_aliastool
-rwxr-xr-x. 1 root root 92M 2010-09-21 19:49 blastdb_format_unit_test
-rwxr-xr-x. 1 root root 86M 2010-09-21 19:49 blastdbcheck
-rwxr-xr-x. 1 root root 132M 2010-09-21 19:49 blastdbcmd
-rwxr-xr-x. 1 root root 141M 2010-09-21 19:49 blastinput_unit_test
-rwxr-xr-x. 1 root root 150M 2010-09-21 19:49 blastn
-rwxr-xr-x. 1 root root 150M 2010-09-21 19:50 blastp
-rwxr-xr-x. 1 root root 150M 2010-09-21 19:50 blastx
-rwxr-xr-x. 1 root root 84M 2010-09-21 19:50 convert2blastmask
-rwxr-xr-x. 1 root root 25M 2010-09-21 19:50 datatool
-rwxr-xr-x. 1 root root 91M 2010-09-21 19:50 dustmasker
-rwxr-xr-x. 1 root root 8.9M 2010-09-21 19:50 gene_info_reader
-rwxr-xr-x. 1 root root 13M 2010-09-21 19:50 gene_info_unit_test
-rwxr-xr-x. 1 root root 10M 2010-09-21 19:50 gumbelparams
-rwxr-xr-x. 1 root root 14M 2010-09-21 19:50 gumbelparams_unit_test
-rwxr-xr-x. 1 root root 51K 2010-09-21 19:50 legacy_blast.pl
-rwxr-xr-x. 1 root root 97M 2010-09-21 19:50 makeblastdb
-rwxr-xr-x. 1 root root 92M 2010-09-21 19:50 makembindex
-rwxr-xr-x. 1 root root 15M 2010-09-21 19:50 project_tree_builder
-rwxr-xr-x. 1 root root 151M 2010-09-21 19:51 psiblast
-rwxr-xr-x. 1 root root 150M 2010-09-21 19:51 rpsblast
-rwxr-xr-x. 1 root root 150M 2010-09-21 19:51 rpstblastn
-rwxr-xr-x. 1 root root 91M 2010-09-21 19:51 segmasker
-rwxr-xr-x. 1 root root 84M 2010-09-21 19:51 seqdb_demo
-rwxr-xr-x. 1 root root 93M 2010-09-21 19:51 seqdb_unit_test
-rwxr-xr-x. 1 root root 84M 2010-09-21 19:52 srsearch
-rwxr-xr-x. 1 root root 151M 2010-09-21 19:52 tblastn
-rwxr-xr-x. 1 root root 150M 2010-09-21 19:52 tblastx
-rwxr-xr-x. 1 root root 83M 2010-09-21 19:52 unit_test_fasta_ostream
-rwxr-xr-x. 1 root root 84M 2010-09-21 19:52 unit_test_seq_translator
-rwxr-xr-x. 1 root root 9.8K 2010-09-21 19:52 update_blastdb.pl
-rwxr-xr-x. 1 root root 94M 2010-09-21 19:52 windowmasker
-rwxr-xr-x. 1 root root 5.9K 2010-09-21 19:52 windowmasker_2.2.22_adapter.py
-rwxr-xr-x. 1 root root 92M 2010-09-21 19:52 writedb_unit_test

3.5GB? しかも1つのファイルで100MBとか…どうなってんの。

$ ll -h /usr/local/lib
合計 1.3G
-rw-r--r--. 1 root root 343K 2010-09-21 19:52 libaccess-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 343K 2010-09-21 19:52 libaccess.a
-rw-r--r--. 1 root root 13M 2010-09-21 19:52 libalign_format-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 13M 2010-09-21 19:52 libalign_format.a
-rw-r--r--. 1 root root 2.8M 2010-09-21 19:52 libbiblio-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 2.8M 2010-09-21 19:52 libbiblio.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.6M 2010-09-21 19:52 libbiotree-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.6M 2010-09-21 19:52 libbiotree.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.6M 2010-09-21 19:52 libblast-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.6M 2010-09-21 19:52 libblast.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.1M 2010-09-21 19:52 libblast_services-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.1M 2010-09-21 19:52 libblast_services.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.1M 2010-09-21 19:52 libblastdb-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.1M 2010-09-21 19:52 libblastdb.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.3M 2010-09-21 19:52 libblastdb_format-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.3M 2010-09-21 19:52 libblastdb_format.a
-rw-r--r--. 1 root root 9.6M 2010-09-21 19:52 libblastinput-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 9.6M 2010-09-21 19:52 libblastinput.a
-rw-r--r--. 1 root root 942K 2010-09-21 19:52 libblastxml-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 942K 2010-09-21 19:52 libblastxml.a
-rw-r--r--. 1 root root 4.7M 2010-09-21 19:52 libcdd-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 4.7M 2010-09-21 19:52 libcdd.a
-rw-r--r--. 1 root root 2.0M 2010-09-21 19:52 libcn3d-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 2.0M 2010-09-21 19:52 libcn3d.a
-rw-r--r--. 1 root root 175K 2010-09-21 19:52 libcomposition_adjustment-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 175K 2010-09-21 19:52 libcomposition_adjustment.a
-rw-r--r--. 1 root root 969K 2010-09-21 19:52 libconnect-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 969K 2010-09-21 19:52 libconnect.a
-rw-r--r--. 1 root root 78K 2010-09-21 19:52 libconnext-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 78K 2010-09-21 19:52 libconnext.a
-rw-r--r--. 1 root root 25K 2010-09-21 19:52 libconnssl-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 25K 2010-09-21 19:52 libconnssl.a
-rw-r--r--. 1 root root 96K 2010-09-21 19:52 libcreaders-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 96K 2010-09-21 19:52 libcreaders.a
-rw-r--r--. 1 root root 5.3M 2010-09-21 19:52 libdbapi-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 5.3M 2010-09-21 19:52 libdbapi.a
-rw-r--r--. 1 root root 6.6M 2010-09-21 19:52 libdbapi_driver-dll.so
-rw-r--r--. 1 root root 12M 2010-09-21 19:52 libdbapi_driver-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 12M 2010-09-21 19:52 libdbapi_driver.a
-rw-r--r--. 1 root root 4.3M 2010-09-21 19:52 libdocsum-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 4.3M 2010-09-21 19:52 libdocsum.a
-rw-r--r--. 1 root root 2.9M 2010-09-21 19:52 libentrez2-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 2.9M 2010-09-21 19:52 libentrez2.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.1M 2010-09-21 19:52 libentrez2cli-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.1M 2010-09-21 19:52 libentrez2cli.a
-rw-r--r--. 1 root root 2.1M 2010-09-21 19:52 libentrezgene-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 2.1M 2010-09-21 19:52 libentrezgene.a
-rw-r--r--. 1 root root 738K 2010-09-21 19:52 libfeatdef-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 738K 2010-09-21 19:52 libfeatdef.a
-rw-r--r--. 1 root root 2.4M 2010-09-21 19:52 libgbseq-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 2.4M 2010-09-21 19:52 libgbseq.a
-rw-r--r--. 1 root root 883K 2010-09-21 19:52 libgene_info-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 883K 2010-09-21 19:52 libgene_info.a
-rw-r--r--. 1 root root 4.3M 2010-09-21 19:52 libgeneral-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 4.3M 2010-09-21 19:52 libgeneral.a
-rw-r--r--. 1 root root 4.1M 2010-09-21 19:52 libgenome_collection-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 4.1M 2010-09-21 19:52 libgenome_collection.a
-rw-r--r--. 1 root root 2.9M 2010-09-21 19:52 libgumbelparams-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 2.9M 2010-09-21 19:52 libgumbelparams.a
-rw-r--r--. 1 root root 2.3M 2010-09-21 19:52 libhomologene-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 2.3M 2010-09-21 19:52 libhomologene.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.1M 2010-09-21 19:52 libid1-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.1M 2010-09-21 19:52 libid1.a
-rw-r--r--. 1 root root 793K 2010-09-21 19:53 libid1cli-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 793K 2010-09-21 19:53 libid1cli.a
-rw-r--r--. 1 root root 2.8M 2010-09-21 19:53 libid2-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 2.8M 2010-09-21 19:53 libid2.a
-rw-r--r--. 1 root root 16M 2010-09-21 19:53 libid2_split-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 16M 2010-09-21 19:53 libid2_split.a
-rw-r--r--. 1 root root 674K 2010-09-21 19:53 libid2cli-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 674K 2010-09-21 19:53 libid2cli.a
-rw-r--r--. 1 root root 2.5M 2010-09-21 19:53 libinsdseq-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 2.5M 2010-09-21 19:53 libinsdseq.a
-rw-r--r--. 1 root root 454K 2010-09-21 19:53 libmedlars-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 454K 2010-09-21 19:53 libmedlars.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.6M 2010-09-21 19:53 libmedline-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.6M 2010-09-21 19:53 libmedline.a
-rw-r--r--. 1 root root 2.2M 2010-09-21 19:53 libmim-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 2.2M 2010-09-21 19:53 libmim.a
-rw-r--r--. 1 root root 701K 2010-09-21 19:53 libmla-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 701K 2010-09-21 19:53 libmla.a
-rw-r--r--. 1 root root 666K 2010-09-21 19:53 libmlacli-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 666K 2010-09-21 19:53 libmlacli.a
-rw-r--r--. 1 root root 9.7M 2010-09-21 19:53 libmmdb-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 9.7M 2010-09-21 19:53 libmmdb.a
-rw-r--r--. 1 root root 14M 2010-09-21 19:53 libncbi_xcache_dbapi-dll.so
-rw-r--r--. 1 root root 1.5M 2010-09-21 19:53 libncbi_xcache_dbapi-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.5M 2010-09-21 19:53 libncbi_xcache_dbapi.a
-rw-r--r--. 1 root root 2.7M 2010-09-21 19:53 libncbi_xloader_blastdb-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 2.7M 2010-09-21 19:53 libncbi_xloader_blastdb.a
-rw-r--r--. 1 root root 2.9M 2010-09-21 19:53 libncbi_xloader_blastdb_rmt-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 2.9M 2010-09-21 19:53 libncbi_xloader_blastdb_rmt.a
-rw-r--r--. 1 root root 3.4M 2010-09-21 19:53 libncbi_xloader_genbank-dll.so
-rw-r--r--. 1 root root 4.4M 2010-09-21 19:53 libncbi_xloader_genbank-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 4.4M 2010-09-21 19:53 libncbi_xloader_genbank.a
-rw-r--r--. 1 root root 7.3M 2010-09-21 19:53 libncbi_xreader-dll.so
-rw-r--r--. 1 root root 13M 2010-09-21 19:53 libncbi_xreader-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 13M 2010-09-21 19:53 libncbi_xreader.a
-rw-r--r--. 1 root root 2.5M 2010-09-21 19:53 libncbi_xreader_cache-dll.so
-rw-r--r--. 1 root root 3.8M 2010-09-21 19:53 libncbi_xreader_cache-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 3.8M 2010-09-21 19:53 libncbi_xreader_cache.a
-rw-r--r--. 1 root root 953K 2010-09-21 19:53 libncbi_xreader_gicache-dll.so
-rw-r--r--. 1 root root 1.2M 2010-09-21 19:53 libncbi_xreader_gicache-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.2M 2010-09-21 19:53 libncbi_xreader_gicache.a
-rw-r--r--. 1 root root 3.2M 2010-09-21 19:53 libncbi_xreader_id1-dll.so
-rw-r--r--. 1 root root 2.2M 2010-09-21 19:53 libncbi_xreader_id1-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 2.2M 2010-09-21 19:53 libncbi_xreader_id1.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.2M 2010-09-21 19:53 libncbi_xreader_id2-dll.so
-rw-r--r--. 1 root root 1.5M 2010-09-21 19:53 libncbi_xreader_id2-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.5M 2010-09-21 19:53 libncbi_xreader_id2.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.6M 2010-09-21 19:53 libncbimime-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.6M 2010-09-21 19:53 libncbimime.a
-rw-r--r--. 1 root root 925K 2010-09-21 19:53 libobjprt-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 925K 2010-09-21 19:53 libobjprt.a
-rw-r--r--. 1 root root 4.9M 2010-09-21 19:53 libomssa-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 4.9M 2010-09-21 19:53 libomssa.a
-rw-r--r--. 1 root root 3.0M 2010-09-21 19:53 libpcassay-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 3.0M 2010-09-21 19:53 libpcassay.a
-rw-r--r--. 1 root root 4.2M 2010-09-21 19:53 libpcsubstance-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 4.2M 2010-09-21 19:53 libpcsubstance.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.9M 2010-09-21 19:53 libproj-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.9M 2010-09-21 19:53 libproj.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.9M 2010-09-21 19:53 libpub-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.9M 2010-09-21 19:53 libpub.a
-rw-r--r--. 1 root root 480K 2010-09-21 19:53 libpubmed-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 480K 2010-09-21 19:53 libpubmed.a
-rw-r--r--. 1 root root 726K 2010-09-21 19:53 libremap-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 726K 2010-09-21 19:53 libremap.a
-rw-r--r--. 1 root root 903K 2010-09-21 19:53 libremapcli-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 903K 2010-09-21 19:53 libremapcli.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.7M 2010-09-21 19:53 libscoremat-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.7M 2010-09-21 19:53 libscoremat.a
-rw-r--r--. 1 root root 40M 2010-09-21 19:53 libseq-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 40M 2010-09-21 19:53 libseq.a
-rw-r--r--. 1 root root 932K 2010-09-21 19:53 libseqcode-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 932K 2010-09-21 19:53 libseqcode.a
-rw-r--r--. 1 root root 19M 2010-09-21 19:53 libseqdb-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 19M 2010-09-21 19:53 libseqdb.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.8M 2010-09-21 19:53 libseqedit-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.8M 2010-09-21 19:53 libseqedit.a
-rw-r--r--. 1 root root 2.4M 2010-09-21 19:53 libseqmasks_io-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 2.4M 2010-09-21 19:53 libseqmasks_io.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.6M 2010-09-21 19:53 libseqset-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.6M 2010-09-21 19:53 libseqset.a
-rw-r--r--. 1 root root 3.8M 2010-09-21 19:53 libseqsplit-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 3.8M 2010-09-21 19:53 libseqsplit.a
-rw-r--r--. 1 root root 642K 2010-09-21 19:53 libseqtest-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 642K 2010-09-21 19:53 libseqtest.a
-rw-r--r--. 1 root root 752K 2010-09-21 19:53 libsequtil-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 752K 2010-09-21 19:53 libsequtil.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.2M 2010-09-21 19:53 libsubmit-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.2M 2010-09-21 19:53 libsubmit.a
-rw-r--r--. 1 root root 15K 2010-09-21 19:53 libtables-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 15K 2010-09-21 19:53 libtables.a
-rw-r--r--. 1 root root 3.7M 2010-09-21 19:53 libtaxon1-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 3.7M 2010-09-21 19:53 libtaxon1.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.6M 2010-09-21 19:53 libtaxon3-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.6M 2010-09-21 19:53 libtaxon3.a
-rw-r--r--. 1 root root 4.1M 2010-09-21 19:53 libtest_boost-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 4.1M 2010-09-21 19:53 libtest_boost.a
-rw-r--r--. 1 root root 344K 2010-09-21 19:53 libtest_mt-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 344K 2010-09-21 19:53 libtest_mt.a
-rw-r--r--. 1 root root 460K 2010-09-21 19:53 libtinyseq-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 460K 2010-09-21 19:53 libtinyseq.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.4M 2010-09-21 19:53 libvalerr-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.4M 2010-09-21 19:53 libvalerr.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.1M 2010-09-21 19:53 libvalid-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.1M 2010-09-21 19:53 libvalid.a
-rw-r--r--. 1 root root 9.0M 2010-09-21 19:53 libwritedb-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 9.0M 2010-09-21 19:53 libwritedb.a
-rw-r--r--. 1 root root 3.8M 2010-09-21 19:53 libxalgoblastdbindex-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 3.8M 2010-09-21 19:53 libxalgoblastdbindex.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.5M 2010-09-21 19:53 libxalgoblastdbindex_search-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.5M 2010-09-21 19:53 libxalgoblastdbindex_search.a
-rw-r--r--. 1 root root 844K 2010-09-21 19:53 libxalgodustmask-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 844K 2010-09-21 19:53 libxalgodustmask.a
-rw-r--r--. 1 root root 8.2M 2010-09-21 19:53 libxalgowinmask-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 8.2M 2010-09-21 19:53 libxalgowinmask.a
-rw-r--r--. 1 root root 19M 2010-09-21 19:53 libxalnmgr-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 19M 2010-09-21 19:53 libxalnmgr.a
-rw-r--r--. 1 root root 43M 2010-09-21 19:53 libxblast-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 43M 2010-09-21 19:53 libxblast.a
-rw-r--r--. 1 root root 7.8M 2010-09-21 19:53 libxblastformat-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 7.8M 2010-09-21 19:53 libxblastformat.a
-rw-r--r--. 1 root root 8.2M 2010-09-21 19:53 libxcgi-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 8.2M 2010-09-21 19:53 libxcgi.a
-rw-r--r--. 1 root root 14M 2010-09-21 19:53 libxcleanup-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 14M 2010-09-21 19:53 libxcleanup.a
-rw-r--r--. 1 root root 2.2M 2010-09-21 19:53 libxcompress-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 2.2M 2010-09-21 19:53 libxcompress.a
-rw-r--r--. 1 root root 3.6M 2010-09-21 19:53 libxconnect-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 3.6M 2010-09-21 19:53 libxconnect.a
-rw-r--r--. 1 root root 992K 2010-09-21 19:53 libxconnext-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 992K 2010-09-21 19:53 libxconnext.a
-rw-r--r--. 1 root root 111K 2010-09-21 19:53 libxcser-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 111K 2010-09-21 19:53 libxcser.a
-rw-r--r--. 1 root root 8.3M 2010-09-21 19:53 libxfcgi-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 8.3M 2010-09-21 19:53 libxfcgi.a
-rw-r--r--. 1 root root 37M 2010-09-21 19:53 libxformat-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 37M 2010-09-21 19:53 libxformat.a
-rw-r--r--. 1 root root 4.7M 2010-09-21 19:53 libxhtml-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 4.7M 2010-09-21 19:53 libxhtml.a
-rw-r--r--. 1 root root 22M 2010-09-21 19:53 libxncbi-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 22M 2010-09-21 19:53 libxncbi.a
-rw-r--r--. 1 root root 6.6M 2010-09-21 19:53 libxnetblast-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 6.6M 2010-09-21 19:53 libxnetblast.a
-rw-r--r--. 1 root root 742K 2010-09-21 19:53 libxnetblastcli-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 742K 2010-09-21 19:53 libxnetblastcli.a
-rw-r--r--. 1 root root 71M 2010-09-21 19:53 libxobjmgr-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 71M 2010-09-21 19:53 libxobjmgr.a
-rw-r--r--. 1 root root 23M 2010-09-21 19:53 libxobjread-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 23M 2010-09-21 19:53 libxobjread.a
-rw-r--r--. 1 root root 3.0M 2010-09-21 19:53 libxobjreadex-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 3.0M 2010-09-21 19:53 libxobjreadex.a
-rw-r--r--. 1 root root 616K 2010-09-21 19:53 libxobjsimple-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 616K 2010-09-21 19:53 libxobjsimple.a
-rw-r--r--. 1 root root 14M 2010-09-21 19:53 libxobjutil-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 14M 2010-09-21 19:53 libxobjutil.a
-rw-r--r--. 1 root root 315K 2010-09-21 19:53 libxregexp-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 315K 2010-09-21 19:53 libxregexp.a
-rw-r--r--. 1 root root 21M 2010-09-21 19:53 libxser-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 21M 2010-09-21 19:53 libxser.a
-rw-r--r--. 1 root root 2.1M 2010-09-21 19:53 libxthrserv-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 2.1M 2010-09-21 19:53 libxthrserv.a
-rw-r--r--. 1 root root 9.1M 2010-09-21 19:53 libxutil-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 9.1M 2010-09-21 19:53 libxutil.a
-rw-r--r--. 1 root root 2.6M 2010-09-21 19:53 libxxconnect-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 2.6M 2010-09-21 19:53 libxxconnect.a

ライブラリも1GB超えとか…なんなんだいったい。

▲top

投稿者 ただ : 22:46 | トラックバック (0) カテゴリー ; 生命科学

2010年9月22日

Blast 2.2.24+のインストール(再)

一昨日からあれだけかけて、やっとBlast+(C++版)のインストールが終わったかと思いきやファイルのサイズが合計数GBなんてとんでもないことになってどうも不思議やったんやけど。会社の人に聞いてみたらデフォルトではデバッグモードで構成されてるとのこと…それをオフにせんとあかんのか。あぁ確かにPDFのマニュアルにもインストールのコマンドにデバッグモードをオフにしてる。
けど…その初期設定、なんかおかしくない?

$ ./configure --prefix=/usr/local --without-debug --with-mt --with-dll

とりあえず、デバッグモードの無効化と、マルチスレッド対応、動的リンクの有効化を指定してコンパイルさせたら、ファイルサイズは桁違いに。まぁそれでも60MB超やけども。ちなみに、C版ではあったblastallコマンドは"legacy_blast.pl blastall"と置換することでそのまま使用可能。formatdbはどこ行った?

$ ll -h /usr/local/bin/
合計 13M
-rwxr-xr-x. 1 root root 132K 2010-09-22 21:26 bdbloader_unit_test
-rwxr-xr-x. 1 root root 164K 2010-09-22 21:26 blast_format_unit_test
-rwxr-xr-x. 1 root root 238K 2010-09-22 21:26 blast_formatter
-rwxr-xr-x. 1 root root 241K 2010-09-22 21:26 blast_services_unit_test
-rwxr-xr-x. 1 root root 4.5M 2010-09-22 21:26 blast_unit_test
-rwxr-xr-x. 1 root root 96K 2010-09-22 21:26 blastdb_aliastool
-rwxr-xr-x. 1 root root 126K 2010-09-22 21:26 blastdb_format_unit_test
-rwxr-xr-x. 1 root root 157K 2010-09-22 21:26 blastdbcheck
-rwxr-xr-x. 1 root root 120K 2010-09-22 21:26 blastdbcmd
-rwxr-xr-x. 1 root root 918K 2010-09-22 21:26 blastinput_unit_test
-rwxr-xr-x. 1 root root 199K 2010-09-22 21:26 blastn
-rwxr-xr-x. 1 root root 199K 2010-09-22 21:26 blastp
-rwxr-xr-x. 1 root root 199K 2010-09-22 21:26 blastx
-rwxr-xr-x. 1 root root 65K 2010-09-22 21:26 convert2blastmask
-rwxr-xr-x. 1 root root 1.2M 2010-09-22 21:26 datatool
-rwxr-xr-x. 1 root root 50K 2010-09-22 21:26 dustmasker
-rwxr-xr-x. 1 root root 35K 2010-09-22 21:26 gene_info_reader
-rwxr-xr-x. 1 root root 141K 2010-09-22 21:26 gene_info_unit_test
-rwxr-xr-x. 1 root root 61K 2010-09-22 21:26 gumbelparams
-rwxr-xr-x. 1 root root 208K 2010-09-22 21:26 gumbelparams_unit_test
-rwxr-xr-x. 1 root root 51K 2010-09-22 21:26 legacy_blast.pl
-rwxr-xr-x. 1 root root 206K 2010-09-22 21:26 makeblastdb
-rwxr-xr-x. 1 root root 50K 2010-09-22 21:26 makembindex
-rwxr-xr-x. 1 root root 904K 2010-09-22 21:26 project_tree_builder
-rwxr-xr-x. 1 root root 234K 2010-09-22 21:26 psiblast
-rwxr-xr-x. 1 root root 199K 2010-09-22 21:26 rpsblast
-rwxr-xr-x. 1 root root 199K 2010-09-22 21:26 rpstblastn
-rwxr-xr-x. 1 root root 56K 2010-09-22 21:26 segmasker
-rwxr-xr-x. 1 root root 42K 2010-09-22 21:26 seqdb_demo
-rwxr-xr-x. 1 root root 783K 2010-09-22 21:26 seqdb_unit_test
-rwxr-xr-x. 1 root root 79K 2010-09-22 21:26 srsearch
-rwxr-xr-x. 1 root root 212K 2010-09-22 21:26 tblastn
-rwxr-xr-x. 1 root root 199K 2010-09-22 21:26 tblastx
-rwxr-xr-x. 1 root root 95K 2010-09-22 21:26 unit_test_fasta_ostream
-rwxr-xr-x. 1 root root 245K 2010-09-22 21:26 unit_test_seq_translator
-rwxr-xr-x. 1 root root 9.8K 2010-09-22 21:26 update_blastdb.pl
-rwxr-xr-x. 1 root root 117K 2010-09-22 21:26 windowmasker
-rwxr-xr-x. 1 root root 5.9K 2010-09-22 21:26 windowmasker_2.2.22_adapter.py
-rwxr-xr-x. 1 root root 407K 2010-09-22 21:26 writedb_unit_test


$ ll -h /usr/local/lib
合計 51M
-rw-r--r--. 1 root root 26K 2010-09-22 21:26 libaccess.so
-rw-r--r--. 1 root root 655K 2010-09-22 21:26 libalign_format.so
-rw-r--r--. 1 root root 360K 2010-09-22 21:26 libbiblio.so
-rw-r--r--. 1 root root 145K 2010-09-22 21:26 libbiotree.so
-rw-r--r--. 1 root root 583K 2010-09-22 21:26 libblast.so
-rw-r--r--. 1 root root 65K 2010-09-22 21:26 libblast_services.so
-rw-r--r--. 1 root root 101K 2010-09-22 21:26 libblastdb.so
-rw-r--r--. 1 root root 78K 2010-09-22 21:26 libblastdb_format.so
-rw-r--r--. 1 root root 497K 2010-09-22 21:26 libblastinput.so
-rw-r--r--. 1 root root 102K 2010-09-22 21:26 libblastxml.so
-rw-r--r--. 1 root root 598K 2010-09-22 21:26 libcdd.so
-rw-r--r--. 1 root root 236K 2010-09-22 21:26 libcn3d.so
-rw-r--r--. 1 root root 75K 2010-09-22 21:26 libcomposition_adjustment.so
-rw-r--r--. 1 root root 299K 2010-09-22 21:26 libconnect.so
-rw-r--r--. 1 root root 28K 2010-09-22 21:26 libconnext.so
-rw-r--r--. 1 root root 13K 2010-09-22 21:26 libconnssl.so
-rw-r--r--. 1 root root 38K 2010-09-22 21:26 libcreaders.so
-rw-r--r--. 1 root root 314K 2010-09-22 21:26 libdbapi.so
-rw-r--r--. 1 root root 1.6M 2010-09-22 21:26 libdbapi_driver-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.6M 2010-09-22 21:26 libdbapi_driver.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.1M 2010-09-22 21:26 libdbapi_driver.so
-rw-r--r--. 1 root root 533K 2010-09-22 21:26 libdocsum.so
-rw-r--r--. 1 root root 388K 2010-09-22 21:26 libentrez2.so
-rw-r--r--. 1 root root 65K 2010-09-22 21:26 libentrez2cli.so
-rw-r--r--. 1 root root 238K 2010-09-22 21:26 libentrezgene.so
-rw-r--r--. 1 root root 74K 2010-09-22 21:26 libfeatdef.so
-rw-r--r--. 1 root root 279K 2010-09-22 21:26 libgbseq.so
-rw-r--r--. 1 root root 86K 2010-09-22 21:26 libgene_info.so
-rw-r--r--. 1 root root 430K 2010-09-22 21:26 libgeneral.so
-rw-r--r--. 1 root root 416K 2010-09-22 21:26 libgenome_collection.so
-rw-r--r--. 1 root root 355K 2010-09-22 21:26 libgumbelparams.so
-rw-r--r--. 1 root root 242K 2010-09-22 21:26 libhomologene.so
-rw-r--r--. 1 root root 126K 2010-09-22 21:26 libid1.so
-rw-r--r--. 1 root root 48K 2010-09-22 21:26 libid1cli.so
-rw-r--r--. 1 root root 387K 2010-09-22 21:26 libid2.so
-rw-r--r--. 1 root root 517K 2010-09-22 21:26 libid2_split.so
-rw-r--r--. 1 root root 42K 2010-09-22 21:26 libid2cli.so
-rw-r--r--. 1 root root 282K 2010-09-22 21:26 libinsdseq.so
-rw-r--r--. 1 root root 40K 2010-09-22 21:26 libmedlars.so
-rw-r--r--. 1 root root 161K 2010-09-22 21:26 libmedline.so
-rw-r--r--. 1 root root 257K 2010-09-22 21:26 libmim.so
-rw-r--r--. 1 root root 86K 2010-09-22 21:26 libmla.so
-rw-r--r--. 1 root root 48K 2010-09-22 21:26 libmlacli.so
-rw-r--r--. 1 root root 1.2M 2010-09-22 21:26 libmmdb.so
-rw-r--r--. 1 root root 153K 2010-09-22 21:26 libncbi_xcache_dbapi-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 153K 2010-09-22 21:26 libncbi_xcache_dbapi.a
-rw-r--r--. 1 root root 116K 2010-09-22 21:26 libncbi_xcache_dbapi.so
-rw-r--r--. 1 root root 142K 2010-09-22 21:26 libncbi_xloader_blastdb.so
-rw-r--r--. 1 root root 151K 2010-09-22 21:26 libncbi_xloader_blastdb_rmt.so
-rw-r--r--. 1 root root 316K 2010-09-22 21:26 libncbi_xloader_genbank-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 316K 2010-09-22 21:26 libncbi_xloader_genbank.a
-rw-r--r--. 1 root root 258K 2010-09-22 21:26 libncbi_xloader_genbank.so
-rw-r--r--. 1 root root 1.1M 2010-09-22 21:26 libncbi_xreader-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.1M 2010-09-22 21:26 libncbi_xreader.a
-rw-r--r--. 1 root root 721K 2010-09-22 21:26 libncbi_xreader.so
-rw-r--r--. 1 root root 275K 2010-09-22 21:26 libncbi_xreader_cache-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 275K 2010-09-22 21:26 libncbi_xreader_cache.a
-rw-r--r--. 1 root root 194K 2010-09-22 21:26 libncbi_xreader_cache.so
-rw-r--r--. 1 root root 94K 2010-09-22 21:26 libncbi_xreader_gicache-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 94K 2010-09-22 21:26 libncbi_xreader_gicache.a
-rw-r--r--. 1 root root 83K 2010-09-22 21:26 libncbi_xreader_gicache.so
-rw-r--r--. 1 root root 161K 2010-09-22 21:26 libncbi_xreader_id1-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 161K 2010-09-22 21:26 libncbi_xreader_id1.a
-rw-r--r--. 1 root root 148K 2010-09-22 21:26 libncbi_xreader_id1.so
-rw-r--r--. 1 root root 108K 2010-09-22 21:26 libncbi_xreader_id2-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 108K 2010-09-22 21:26 libncbi_xreader_id2.a
-rw-r--r--. 1 root root 98K 2010-09-22 21:26 libncbi_xreader_id2.so
-rw-r--r--. 1 root root 204K 2010-09-22 21:26 libncbimime.so
-rw-r--r--. 1 root root 115K 2010-09-22 21:26 libobjprt.so
-rw-r--r--. 1 root root 506K 2010-09-22 21:26 libomssa.so
-rw-r--r--. 1 root root 355K 2010-09-22 21:26 libpcassay.so
-rw-r--r--. 1 root root 514K 2010-09-22 21:26 libpcsubstance.so
-rw-r--r--. 1 root root 187K 2010-09-22 21:26 libproj.so
-rw-r--r--. 1 root root 159K 2010-09-22 21:26 libpub.so
-rw-r--r--. 1 root root 44K 2010-09-22 21:26 libpubmed.so
-rw-r--r--. 1 root root 87K 2010-09-22 21:26 libremap.so
-rw-r--r--. 1 root root 50K 2010-09-22 21:26 libremapcli.so
-rw-r--r--. 1 root root 175K 2010-09-22 21:26 libscoremat.so
-rw-r--r--. 1 root root 4.3M 2010-09-22 21:26 libseq.so
-rw-r--r--. 1 root root 89K 2010-09-22 21:26 libseqcode.so
-rw-r--r--. 1 root root 892K 2010-09-22 21:26 libseqdb.so
-rw-r--r--. 1 root root 352K 2010-09-22 21:26 libseqedit.so
-rw-r--r--. 1 root root 64K 2010-09-22 21:26 libseqmasks_io.so
-rw-r--r--. 1 root root 140K 2010-09-22 21:26 libseqset.so
-rw-r--r--. 1 root root 459K 2010-09-22 21:26 libseqsplit.so
-rw-r--r--. 1 root root 68K 2010-09-22 21:26 libseqtest.so
-rw-r--r--. 1 root root 80K 2010-09-22 21:26 libsequtil.so
-rw-r--r--. 1 root root 119K 2010-09-22 21:26 libsubmit.so
-rw-r--r--. 1 root root 14K 2010-09-22 21:26 libtables.so
-rw-r--r--. 1 root root 286K 2010-09-22 21:26 libtaxon1.so
-rw-r--r--. 1 root root 159K 2010-09-22 21:26 libtaxon3.so
-rw-r--r--. 1 root root 464K 2010-09-22 21:26 libtest_boost.so
-rw-r--r--. 1 root root 27K 2010-09-22 21:26 libtest_mt.so
-rw-r--r--. 1 root root 41K 2010-09-22 21:26 libtinyseq.so
-rw-r--r--. 1 root root 240K 2010-09-22 21:26 libvalerr.so
-rw-r--r--. 1 root root 104K 2010-09-22 21:26 libvalid.so
-rw-r--r--. 1 root root 429K 2010-09-22 21:26 libwritedb.so
-rw-r--r--. 1 root root 220K 2010-09-22 21:26 libxalgoblastdbindex.so
-rw-r--r--. 1 root root 111K 2010-09-22 21:26 libxalgoblastdbindex_search.so
-rw-r--r--. 1 root root 30K 2010-09-22 21:26 libxalgodustmask.so
-rw-r--r--. 1 root root 298K 2010-09-22 21:26 libxalgowinmask.so
-rw-r--r--. 1 root root 626K 2010-09-22 21:26 libxalnmgr.so
-rw-r--r--. 1 root root 2.3M 2010-09-22 21:26 libxblast.so
-rw-r--r--. 1 root root 285K 2010-09-22 21:26 libxblastformat.so
-rw-r--r--. 1 root root 555K 2010-09-22 21:26 libxcgi.so
-rw-r--r--. 1 root root 828K 2010-09-22 21:26 libxcleanup.so
-rw-r--r--. 1 root root 399K 2010-09-22 21:26 libxcompress.so
-rw-r--r--. 1 root root 574K 2010-09-22 21:26 libxconnect.so
-rw-r--r--. 1 root root 71K 2010-09-22 21:26 libxconnext.so
-rw-r--r--. 1 root root 5.4K 2010-09-22 21:26 libxcser.so
-rw-r--r--. 1 root root 555K 2010-09-22 21:26 libxfcgi.so
-rw-r--r--. 1 root root 1.3M 2010-09-22 21:26 libxformat.so
-rw-r--r--. 1 root root 515K 2010-09-22 21:26 libxhtml.so
-rw-r--r--. 1 root root 2.1M 2010-09-22 21:26 libxncbi.so
-rw-r--r--. 1 root root 856K 2010-09-22 21:26 libxnetblast.so
-rw-r--r--. 1 root root 45K 2010-09-22 21:26 libxnetblastcli.so
-rw-r--r--. 1 root root 3.3M 2010-09-22 21:26 libxobjmgr.so
-rw-r--r--. 1 root root 1.2M 2010-09-22 21:26 libxobjread.so
-rw-r--r--. 1 root root 149K 2010-09-22 21:26 libxobjreadex.so
-rw-r--r--. 1 root root 28K 2010-09-22 21:26 libxobjsimple.so
-rw-r--r--. 1 root root 745K 2010-09-22 21:26 libxobjutil.so
-rw-r--r--. 1 root root 43K 2010-09-22 21:26 libxregexp.so
-rw-r--r--. 1 root root 1.6M 2010-09-22 21:26 libxser.so
-rw-r--r--. 1 root root 142K 2010-09-22 21:26 libxthrserv.so
-rw-r--r--. 1 root root 766K 2010-09-22 21:26 libxutil.so
-rw-r--r--. 1 root root 291K 2010-09-22 21:26 libxxconnect.so

▲top

投稿者 ただ : 23:20 | トラックバック (0) カテゴリー ; 生命科学

2010年9月23日

マラソンコース(坂) on Street view

この前のけいおん!!ロケ地めぐり(Erbe 10.08.16)で気になっていたマラソンコースですが、通った方がいました。

<1日目>0:00 阪急西院→0:09 初詣の今宮神社→1:01 初日の出の船岡山公園→1:15 喫茶店さらさ→1:19 北山→1:35 2期15話のマラソンコース→2:21 叡電修学院→2:24 演芸大会の閉川原公園→2:28 一乗寺駅→2:29 2期OPの白川疎水道→2:31 2期4話の嵐山の迷い道→2:57 モンキーパークいわたやま→4:15 嵐山:桂川の渡月橋→4:34 修学旅行の花園会館(宿泊)
<2日目>4:40 花園会館(洋室にて)→5:09 妙心寺前交差点→5:15 新京極の六角公園→5:37 MOVIX(ムービックス)入口前→5:38 時計台→5:40 JEUGIA(ジュージア)→5:44 四条河原町交差点→5:50 寺町通の交差点→5:53 am/pm(エーエム・ピーエム)→6:01 京都駅(京都タワー)→6:28 新幹線ホーム(300系、700系、N700系)→6:57 JR六地蔵駅、103系電車→7:06 レストランビッグボーイ六地蔵→7:16 JR宇治駅、221系電車→2期12話の夏フェスの集合場所→7:54 JR木幡駅→8:03 京都アニメーション→8:12 京阪8000系で帰る

上のルートを自転車で回ったらしいので、位置関係はほぼ連続ということで間違いないんやと思うんやけど。

1:29


大きな地図で見る

1:36


大きな地図で見る

旧? 府道40号? てことがわかりました。

1:48


大きな地図で見る

1:57


大きな地図で見る

ていうか。ストリートビューの撮影車どこまわっとんの!?
橋のシーンと公園の場所は見つけられんかった…。撮影車が回ってるコース上にあるのか、はたまたないのか。変なコース通ってるからなぁ(ここ通っててもえんちゃう?てところは通ってないし)。

▲top

投稿者 ただ : 22:34 | トラックバック (0) カテゴリー ; TV, CMとか

2010年9月24日

Dalliance 0.5.0

Dalliance 0.5.0が9月11日に公開された。NCBIのゲノムマップビューのようなUIを実現するWeb用プログラムということのよう…Javascriptの依存性からかIEには対応していないのが残念やけども、Firefoxを使う分には問題なさそう。

0.5.0の特長としては、DASを利用しての他のプログラムによるマッピング結果の表示に対応したことと、UIの整理、HTMLへの埋め込みが簡単になった、ということらしい。

Gitレポジトリ: http://github.com/dasmoth/dalliance/

▲top

投稿者 ただ : 02:34 | トラックバック (0) カテゴリー ; 生命科学

2010年9月25日

まさかあの昔話で盛り上がるとは

今日はAndroidの初心者向け講習会の最終回でした…。けど受講者さんたちのJava力がまちまちだったりこれまでの内容がハイレベルだったという声が多かったようでかなりグレードダウンしてゆっくりめの講習会になった。うーん、最後の回で急にスピードダウンした感じがしてなんか不思議な気分やった。
まぁ自分としては無理にアシスタントしなくてもよくなった(動かなくても全然大丈夫やったし)のでよかったんですが。

終わった後は、打ち上げと称して飲みました…メンバーと飲み会するのはこれが初めてやったりする。昼ご飯とかお茶とかはこれまでもあったけど、初めて酒が入った。本当は学生の受講者さんたちもせっかくやからみんな来てくれたらよかったのになぁ。

ベーマガとか、Win3.1、Win95、VB2.0とか、思わぬ昔話で盛り上がるなんて全く思いもしなかった。中高時代の友達以外で初めてこの話題で合うとは…。あとあずにゃん(あんずたん?)…あれがinterfaceの説明としてOKかどうかは別として。

んまぁextend(継承)が親子で、interface(実装)は装備だと思えばいいことは間違いないけど。親子の関係から装備の関係への話題転換は難しいね。

▲top

投稿者 ただ : 21:15 | トラックバック (0) カテゴリー ; お出かけ

Twitterアプリでさえずらせてみた

先週の東京出張の行きがけにふと思い立ったOAuth認証の体験学習をやってみた。Twitterで。

もう検索したら出てくるこのトップ2でほぼできた。

アプリを作って、

コードを打ってアクセスすると許可を求めてくるので(すでにログイン済みやとこうなるらしい)、

許可するとユーザーの情報をYAMLで表示するようにした。

あとはアプリに更新させて(別にぼかす必要もないけど)、

それをアプリからも確認。

これでボットとかコマンド式執事とかできそう。

(XPERIAから入力)>コンピュータ、録画予約、XX:XX-XX:XX、Xch
(しつじ)>録画予約というコマンドを理解できませんでした。

えぇー。

で、APIに渡すコマンドでよくわからんかったんやけど /statuses/update の場合はパラメータを :status => "xxx" とハッシュにシンボルで渡せるのに、 /statuses/home_timeline の場合はパラメータをハッシュで渡しても聞かない…おまけにシンボルでハッシュを作るとシンボルを文字列に変換してくれなくてエラーが起こる。getの場合は自分でクエリを作らんとあかんの?

▲top

投稿者 ただ : 23:16 | トラックバック (0) カテゴリー ; プログラミングとか

2010年9月28日

怪! 雨が降ってきた

夕方何の前触れもなく急に雨が降ってきた(音がした)。雨降るって言ってたっけ…?? と不思議に思いながらどこが雨降ってるか(というかやむ雨か)確認してみたら↑みたいになってた。

なんでここだけ?

▲top

投稿者 ただ : 23:02 | トラックバック (0) カテゴリー ; mein Erbe

2010年9月29日

昨日の雨はマンガのように

巨大な“水柱”神戸港に出現 局地的豪雨で(ref. 神戸新聞)

すげぇなこの画。というか昨日の雨は遠くから見たらこんなんになってたんやなぁ。氷柱ならぬ、まさに水柱。下から上がってるんじゃないけど。

中国が暗黙に示してしまった「チャイナリスク」 【番外編】尖閣諸島問題を考える(ref. NBOnline)

スケープゴートは、国内であれば悪徳官吏、国外であれば、第2次世界大戦で中国に負い目のある日本が使いやすいです。何の負い目もない国を相手にしたら、本気で怒らせてしまうかもしれないし、ベトナムのような国に手を出すと、「懲罰戦争」を仕掛けたつもりが逆に敗退してしまうといった事態に立ち至って、国内統治上、逆効果になってしまうからです(1979年、カンボジアでの民衆虐殺などを止めさせるため、ベトナムがカンボジアに軍事介入したことに対して、中国がカンボジアを支援してベトナムを「懲罰」するために仕掛けた戦争)。

なんか、若干落ち着く方向に向かいつつあるなぁと思いつつ。↑のコラムはいいところついてるなぁ…日本側に自虐的なこともちゃんと書かれてるし。にしても、中国って一歩引いて見るとホンマ不器用な子やなぁと思えてしまう。…思ってしまうと笑えてくる。

▲top

投稿者 ただ : 22:09 | トラックバック (0) カテゴリー ; mein Erbe

2010/08 | 2010/09 | 2010/10