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2005年5月18日
バイオインフォマティクス用のプログラム
というと、BioPerlでプログラミング。というイメージしかない今日この頃。
CGIスクリプト言語で有名なPerlはテキストの処理に適した言語なので、データベースから引っ張ってきたDNA塩基配列を編集したり、というのにはとても威力を発揮してくれる。
公共のデータベースから得られるファイルはテキスト形式で送られてくるので、とても処理がしやすいし(けどファイルの構造上、ぱっと見塩基配列だけを抽出するとかかなりめんどそう)。しかし、もちろん塩基配列ばかり扱っているわけではない。画像を扱う場面はどんどん増えていく一方だろうし、それらをデータベース上のデータと照合することが増えていくだろうと思われる。もはや、BioPerlをやっていればいい、ということはないだろうと思うのだがそもそもBioPerlがどこまで必要か、ということに関しては僕自身はあんまり肯定的ではない。確かに、WEBアプリケーションとして動作させる場合にはCGIベースになるからPerlで処理を行うことが一番簡単で手っ取り早いんやけど。
それだけか…? それだけちゃうやろ…なんか違う。そう思う今日この頃。
By ただ at 23:32 カテゴリー ; mein Erbe , 仕事関係
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