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2009年4月25日
EMBOSSを試す
EMBOSSはバイオインフォマティクス系のツールがたくさん詰まったパッケージなのですが、これまで使ったことなかったのでやってみることにした。とりあえずダウンロード。
ftp://emboss.open-bio.org/pub/EMBOSS/
インストール先は--prefixでユーザーディレクトリにしておいてmakeしてinstallしたものの、果てこれからどうするか。あちこち見てたらshowdbしたら配列にアクセスするときに使うデータベースを一覧で出せる、らしいのでやってみたところ、なんかCD-ROM indexばっかりでネット上の公開リソースにはアクセスでき(て)ないっぽい…。
情報を探し回ってたら、emboss.defaultを書き換えるとよいらしい。
http://itoshi.tv/emboss.default
からデータを指定する記述を戴く。share/EMBOSS/emboss.defaultに貼り付けて、
SET emboss_tempdata /home/biouser/share/EMBOSS/test
を指定しておいて、もう一回showdb。
…できた。
$ showdb
Displays information on configured databases
# Name Type ID Qry All Comment
# ============ ==== == === === =======
SpTrEMBL P OK - - Contains the translations of all coding sequences present in the EMBL sequence database not yet integrated in SWISS-PROT
pir P OK - - Protein Identification Resource.
refseqp P OK - - Database of protein information from REFSEQ
swall P OK - - A combined database of Swiss-Prot, SPTREMBL and TREMBLNEW. Does not contain REMTREMBL.
swissprot P OK - - Database of protein sequences produced collaboratively by the Swiss Institute for Bioinformatics (SIB) and the European Bioinformatics Institute (EBI).
tpir P OK OK OK PIR using NBRF access for 4 files
tsw P OK OK OK Swissprot native format with EMBL CD-ROM index
tswnew P OK OK OK Swissnew as 3 files in native format with EMBL CD-ROM index
twp P OK OK OK EMBL new in native format with EMBL CD-ROM index
DDBJNEW N OK - - DDBJNEW IDs
DDBJRELEASE N OK - - DDBJRELEASE IDs
GENBANK N OK - - NCBI IDs
embl N OK - - The EMBL nucleotide sequence database constitutes Europes primary nucleotide sequence resource. The database is produced in an international collaboration with GenBank (USA) and the DNA Database of Japan (DDBJ).
refseq N OK - - Database providing non-redundant curated data representing knowledge of known genes
tembl N OK OK OK EMBL in native format with EMBL CD-ROM index
tgb N OK - - Genbank IDs
tgenbank N OK OK OK GenBank in native format with EMBL CD-ROM index
またこれから何をするかは考えとこう。
By ただ at 15:37 カテゴリー ; 生命科学 , プログラミングとか
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