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2009年8月 8日
R2.8.0でMatrixインストール
Fedora8にyumで入れたRのバージョンが2.8.0のため、今(2009年8月)、BioconductorをインストールするとMatrixのインストールでエラーが出てくる。
> getBioC()
...
Warning messages:
1: In install.packages(pkgs = pkgs, repos = repos, dependencies = dependencies, :
dependency ‘Matrix’ is not available
2: In install.packages(pkgs = pkgs, repos = repos, dependencies = dependencies, :
installation of package 'IRanges' had non-zero exit status
3: In install.packages(pkgs = pkgs, repos = repos, dependencies = dependencies, :
installation of package 'Biostrings' had non-zero exit status> getBioC("Matrix")
Running biocinstall version 2.3.13 with R version 2.8.0
Your version of R requires version 2.3 of Bioconductor.
install.packages(pkgs = pkgs, repos = repos, dependencies = dependencies, 中で警告がありました：
argument 'lib' is missing: using '/usr/lib/R/library'
Warning message:
In install.packages(pkgs = pkgs, repos = repos, dependencies = dependencies, :
package ‘Matrix’ is not available
最新のMatrixは、R2.9.0以上でないと対応していないようで、R2.8.0でも使えるものを探さないといけない。
CRANのパッケージ一覧からMatrixのページを探して2009年3月あたりに2.9の記述があったので、その直前のアーカイブをダウンロード、そしてインストール。
> install.packages("Matrix_0.999375-22.tar.gz", repos=NULL)
なんとかインストールは出来たらしい。
By ただ at 11:32 カテゴリー ; プログラミング単語帳 , プログラミングとか
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