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2009年8月 2日

移動に移動でみんなクタクタ

金曜日に実家に帰り、土曜、日曜と実家で過ごす。

金曜、スーツのまま直接実家に帰ることにして、連絡したら「すごい雨が降ってる」と言われ。レーダー見てみたら確かに降ってるんやけど(しかも赤い)、降ってるのが阪神間限定。ポーアイは全く雨知らず。とりあえずそのまま帰ることにした。結果的に電車に乗ってる間に、思ったとおり止んだけど。

土曜日→日曜日、姪っ子+甥っ子家族を迎えて、お宮参りを敢行後、写真撮影して義弟を送って帰還…やること満載。

金曜日から局所的な大雨が断続的に続いたせいか、神社の境内が水浸し…というよりもむしろ「池」と化してる。

特に小さい子にはハードスケジュール過ぎてしんどかったかもな…まぁ車の中で寝てたけど。

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投稿者 ただ : 23:14 | トラックバック (0) カテゴリー ; お出かけ

2009年8月 3日

みどりーの あきばーの すれちがいーの

朝から出張…つくばまで。もし、つくばの時間が15時より前だったら、起きるのがかなりつらい。というか、今日15時より前に打ち合わせの時間が設定されていたら確実に遅刻してた。

というのも、スーツで直接帰った金曜日、ズボンが結構くたびれてたので「もう持って帰らない」と決めて「スペアが確かあったはず…」と思ってたけど、実はスペアがあったのは別の秋冬用スーツやった、という事件が発生してしまい。

夏用のスーツが他にない(クリーニングに出したまま)!!

もう焦った。クリーニング店に回収に行かなければ、このまま厚地のズボンをはいて我慢するか、もしくははかずに…!? 究極私服という選択肢もないわけではなかったけど、8時半に開店するクリーニング店に、前回出したスーツを回収に行って何とかギリギリセーフ。

6時間かけて(?)、JR、新幹線、TX、バスと乗り継いで、なんとかやりきった。

TXから秋葉原にもどってきたら、不思議な集団があったので撮ってみた。「すれ違い通信」をするためのコーナーが作られてるんや。目的があるのはわかるけど、客観的に見るとかなり不思議よねー。集団が固まってて、みーんな黙ってDSしてるんやから。サッカーのサポーターとかなら、わいわいやってる感じで分かるけど、これは…。

TXはやっぱり高い。

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投稿者 ただ : 23:55 | トラックバック (0) カテゴリー ; 仕事関係

2009年8月 4日

(SVN + SSHFS + Apache) x MERGE = 409?

会社のサーバーで、Subversionのレポジトリを残容量の関係で別マシンに作って、Apacheの設定をしたりポートを空けたりするのがめんどいのでそれをSSHFSでマウントし、既存マシンの設定を有効に活用しようという作戦を思いついた(というか誰でも思いつく)ので、SSHFSでマウントする設定は自動でマウントするように/etc/auto.masterに、

/mnt     /etc/auto.sshfs -g,-t=3600

/etc/auto.sshfsに、

svnrepos    -fstype=fuse,allow_other,IdentityFile=/root/.ssh/id_dsa      :sshfs\#svn@192.168.1.xx\:/home/svn

としてautofsを有効に利用することにしたんですが、いざコミットすると…

$ svn add test.txt
A test.txt

$ svn ci -m 'test'
追加しています test.txt
ファイルのデータを送信中です.svn: コミットに失敗しました (詳しい理由は以下のとおりです):
svn: MERGE リクエスト (相手: '/svn/test') が失敗しました
svn: Can't move '/var/www/svn2/test/db/transactions/0-1.txn/rev' to '/var/www/svn2/test/db/revs/1': Operation not permitted

ん。エラー…。Apacheのログ(access_log)を見てみたら、

192.168.1.186 - - [04/Aug/2009:12:17:39 +0900] "CHECKOUT /svn/test/!svn/ver/0/ HTTP/1.1" 201 320 "-" "SVN/1.4.2 (r22196) neon/0.25.5"
192.168.1.186 - - [04/Aug/2009:12:17:39 +0900] "PROPFIND /svn/test/test.txt HTTP/1.1" 404 293 "-" "SVN/1.4.2 (r22196) neon/0.25.5"
192.168.1.186 - - [04/Aug/2009:12:17:39 +0900] "PUT /svn/test/!svn/wrk/13de48a3-8f8f-4bd1-b398-b3cc97ccf5d3/test.txt HTTP/1.1" 201 316 "-" "SVN/1.4.2 (r22196) neon/0.25.5"
192.168.1.186 - - [04/Aug/2009:12:17:40 +0900] "MERGE /svn/test HTTP/1.1" 409 309 "-" "SVN/1.4.2 (r22196) neon/0.25.5"
192.168.1.186 - - [04/Aug/2009:12:17:41 +0900] "DELETE /svn/test/!svn/act/13de48a3-8f8f-4bd1-b398-b3cc97ccf5d3 HTTP/1.1" 204 - "-" "SVN/1.4.2 (r22196) neon/0.25.5"

と、409エラーが。409ってなんだ。error_logは、

[Tue Aug 04 12:17:40 2009] [error] [client 192.168.1.186] Could not MERGE resource "/svn/test/!svn/act/13de48a3-8f8f-4bd1-b398-b3cc97ccf5d3" into "/svn/test". [409, #0]
[Tue Aug 04 12:17:40 2009] [error] [client 192.168.1.186] An error occurred while committing the transaction. [409, #1]
[Tue Aug 04 12:17:40 2009] [error] [client 192.168.1.186] Can't move '/var/www/svn2/test/db/transactions/0-1.txn/rev' to '/var/www/svn2/test/db/revs/1': Operation not permitted [409, #1]

ここで、ふつーの人なら「パーミッションの問題なんでしょ?」と思う、というか掲示板にエラーだけ書いてもたいていこういうことを返事されるんですけど…。SSHFSでマウントした先で、他人が読み書きできるように設定してるのにパーミッションの問題なんてヘン! と気付かないんですよね。
もしかしたら、ファイルシステム跨ぎのmvが出来ないのか…? とマウントした状態でmvコマンドを試すも普通に出来るし。

svn over sshfs(ref. HIDETEC DIARY)

workaround=rename のオプションをつけてやらないと、"Operation not permitted" と言われる。
svnrepos    -fstype=fuse,rw,nodev,allow_other,IdentityFile=/root/.ssh/id_dsa,workaround=rename    :sshfs\#svn@192.168.1.xx\:/home/svn

あ、こういうことね。

192.168.1.186 - - [04/Aug/2009:12:20:08 +0900] "PROPFIND /svn/test/test.txt HTTP/1.1" 404 293 "-" "SVN/1.4.2 (r22196) neon/0.25.5"
192.168.1.186 - - [04/Aug/2009:12:20:08 +0900] "PUT /svn/test/!svn/wrk/af0cac91-e12d-4d11-9c10-e257a2039b63/test.txt HTTP/1.1" 201 316 "-" "SVN/1.4.2 (r22196) neon/0.25.5"
192.168.1.186 - - [04/Aug/2009:12:20:08 +0900] "MERGE /svn/test HTTP/1.1" 200 968 "-" "SVN/1.4.2 (r22196) neon/0.25.5"
192.168.1.186 - - [04/Aug/2009:12:20:09 +0900] "DELETE /svn/test/!svn/act/af0cac91-e12d-4d11-9c10-e257a2039b63 HTTP/1.1" 204 - "-" "SVN/1.4.2 (r22196) neon/0.25.5"

既存のファイルに対してmvをするとエラーが起こるのか。もうちょいやったのに。svnで409エラーを検索してもなかなか出てこないから手間取った。

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投稿者 ただ : 23:02 | トラックバック (0) カテゴリー ; プログラミングとか

英語キーボードで日本語入力 on xrdp

VMWare上のCentOSにリモートデスクトップ接続で画面を表示している、かなりナゾな人です(まぁこれはこれでVMWare Playerを使っているといろいろとメリットがあるわけですけどね)。リモートデスクトップ接続を使おうと思ったら、xrdpが今のところメジャー解ということで、ダウンロードしてきたんですが、キーボードの設定がハードコーディング!! パッチを当てると(というかコードを書き換えると)日本語106キーボードに対応できるんですが。

それはさておき、xrdpをデフォルトの設定のまま使うと、セッションを確立してからずっと英語環境という英語版Windows並みの英語環境が出来上がる(フォントは日本語のが入ってるから表示は日本語も可能)。日本語の表示についてはすぐに見つかるけども、日本語入力の環境を見つけるのにちょっと手間取った。あれやこれやで見つけたのが以下のページ。

SCIM＋Anthy - 日本語入力環境(SCIM+Anthy)(ref. Tejix Club)

LANG=ja_JP.eucJP; export LANG
XMODIFIERS="@im=SCIM"; export XMODIFIERS
GTK_IM_MODULE=scim; export GTK_IM_MODULE
QT_IM_MODULE=scim; export QT_IM_MODULE
echo '*inputMethod: SCIM' | xrdb -merge
USE_XOPENIM=t # for OpenOffice.org
scim -d

これを/usr/local/xrdp/startwm.sh に入れると、日本語入力ができるようになる。キーは英語のままやけども。「2」のシフトを押すと「@」がでてきたり、「:」を入れようと思ったら「'」がでてきたり、最たるのは「全角半角」を押すと「`」で、シフトを押しながら「全角半角」では「~」…ややこしい(でもパッチ当てるのめんどいよー)。

ディストリが違うと設定ファイルの場所が違ったりするから困惑するんよな。おまけに今回はOSでもないしな。

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投稿者 ただ : 23:09 | トラックバック (2) カテゴリー ; プログラミングとか

2009年8月 5日

半分予想通りだが

忙しくなってきた。

特に今日は"み○ら"さんと"み●ら"さんからひっきりなしにメールが来て忙しかった。いつか絶対間違って返信しそう。どっちもJavaの案件やし…(しかもJavaって。)

というか、期間が1月強しかないのに既存環境のセットアップから統計に関する手法検討から、やること意外に多いような。それでいて機能拡張やから新設部分のDB周りの検討から画面遷移まで。チケットの運用でやりたいという気持ちが強いものの、どうやるんかどうかもまだ掴みきれてないのも事実。これもまた肥やしになるのか。

そして面接の結果は残念なことに。…いや、時間が浮いたと思えば慰めにもなるんだが…本当にこれでいいのかは分からん。別のを探すことになるやろうな、結局は。

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投稿者 ただ : 21:11 | トラックバック (0) カテゴリー ; 仕事関係

2009年8月 8日

R2.8.0でMatrixインストール

Fedora8にyumで入れたRのバージョンが2.8.0のため、今(2009年8月)、BioconductorをインストールするとMatrixのインストールでエラーが出てくる。

> getBioC()
...
Warning messages:
1: In install.packages(pkgs = pkgs, repos = repos, dependencies = dependencies, :
dependency ‘Matrix’ is not available
2: In install.packages(pkgs = pkgs, repos = repos, dependencies = dependencies, :
installation of package 'IRanges' had non-zero exit status
3: In install.packages(pkgs = pkgs, repos = repos, dependencies = dependencies, :
installation of package 'Biostrings' had non-zero exit status

> getBioC("Matrix")
Running biocinstall version 2.3.13 with R version 2.8.0
Your version of R requires version 2.3 of Bioconductor.
install.packages(pkgs = pkgs, repos = repos, dependencies = dependencies, 中で警告がありました：
argument 'lib' is missing: using '/usr/lib/R/library'
Warning message:
In install.packages(pkgs = pkgs, repos = repos, dependencies = dependencies, :
package ‘Matrix’ is not available

最新のMatrixは、R2.9.0以上でないと対応していないようで、R2.8.0でも使えるものを探さないといけない。

CRANのパッケージ一覧からMatrixのページを探して2009年3月あたりに2.9の記述があったので、その直前のアーカイブをダウンロード、そしてインストール。

> install.packages("Matrix_0.999375-22.tar.gz", repos=NULL)

なんとかインストールは出来たらしい。

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投稿者 ただ : 11:32 | トラックバック (0) カテゴリー ; プログラミング単語帳 , プログラミングとか

エンドレス

組のボーリング(組長不在)ということで、心斎橋へ。また心斎橋か。
投げるところの足元がおかしかったり右腕の感覚がおかしかったりで、全然スコアが出ず…。事件はこの調子で終わるのかと思ってた3ゲーム目、突如として起こった。これまで、2桁というとんでもないスコアやったのが、なぜか↓のような感じに。

上のがいつもスコアがいい(というかやりすぎてるといっても過言ではない)組員。3フレからスコアが同じ。さらにおかしいのが倒してるピン数が違うのに、スコアがぴったりマークされてること。神が降りたというか、そんなんじゃないですかね。1投目が「G」ということからはこのスコア想像がつかんでしょ。

あー何年ぶりやろう、自己ベスト187。今日のトータルスコア(350)の半分以上なので3ゲーム目に2ゲーム分やったことに?

夜は花火の喧騒からまったく遠く離れていない梅田で飲んで、花火なんて「音声のみでお楽しみください」状態で全く無関係な時間を過ごす。出された「水茄子」がふつーの茄子っぽくて明らかにおかしかったけど。店の人「水茄子」って知ってるんですかね。コースの料理が出てくるのも2皿出すのに本来同時に出すべきところが時間差あるし。こんな日ですから、バイトの子の多くが休んでるのか、元からそういう傾向があるのか、対応がやや残念やった。

アキバのヨドバシ前で見たすれ違い通信コーナーが梅田のヨドバシにもあった。

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投稿者 ただ : 23:47 | トラックバック (0) カテゴリー ; お出かけ

2009年8月16日

気がついたらポケットに

やってしまったー。

昨日目が重たくて爆睡して、日曜に洗濯しよーと、洗濯したら。カッターシャツを干すときにヘンな細切れがたくさんくっついてて。

最初何か分からなかったんですが。

ふとポケットを見たら、細切れの母体が。

あぁ・・・(声にならない)。

しまった、牛丼食べたときにもらったスクラッチをポケットに入れたままやった。

疲れてるわー。

そんなこんなでショックに打ちひしがれつつ、来月の旅行のための切符購入を完了。

夜、いつもは見てない官僚の夏に見入ってしまった。出世争いに派閥争いにドロドロしてるなぁ…。

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投稿者 ただ : 22:42 | トラックバック (0) カテゴリー ; mein Erbe

2009年8月17日

民主党の表は見にくい

民主党の政権政策Manifesto2009

PDFを直接ブラウザで開こうとしたらハングした。何かの罠ですか。

ま、それはさておいて。地球温暖化対策、というので気になって見てみたんだが…表が見にくい。3ページ目のマニフェスト工程表では、H22～H25年度の4年間で、最低49.7(7.1+12.6+13.2+16.8)兆円を家計に回せるようにするということのようで、4ページ目の総予算207兆円を節約するところの表では、4年後のH25年度についてだけ、H21年度予算比で書いてある。途中の年度については書いてないけど、これってかなり消極的よね。

普通の家計で、3年とか4年の単位で家計簿をつけたことがないし、設計もしたことないからなんとも言えんけど、ほとんど単年度会計やと思うんよね。前年度比でいくら、って。90年比で二酸化炭素排出量を6%削減するって言ってるのと同じような気がする。なんで、節約の基準がH21年度固定なんよ。

来年度で7.1兆円、再来年度12.6兆円、高速道路も無料化していって、公務員削減していって、子供手当出して、高校無償化して、雇用対策(雇用保険の対象拡大)して、・・・経済効果がそれを上回るのなら万歳やけどね。その辺の試算をちゃんとしてる人っているんだろうか。

例えば高速道路を無料化して物流コストを下げる、って書いてるけど、それは逆に「地方ならでは」っていう名産品の流出を助長することにはならんのだろうか。「日本全国観光地化(＝聖地化)」を求めるのならそれでもいいのかも知れんけど…。暫定税率にしても、地域で特に需要が高いところを重点的に対応するのでも十分やと思うけどなぁ。

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投稿者 ただ : 22:58 | トラックバック (0) カテゴリー ; mein Erbe

2009年8月19日

EMBOSSを試す その8

$ perl -lane 'BEGIN{$starts[0]=0;$offset=0;$margin=0};END{foreach(@res){$_->[2]-=$margin, print @{$_}}};exit if(/^#/);$margin=$-[1],$offset+=$+[1]-$-[1],push @starts,$offset if(/^ +(-[-:|]*)/); push @res,[$starts[$#starts/2]," ",$-[0]," ",$#starts%2," ",$&] while($_ =~ m/(?<= |\|)[A-Z][a-z]\w+/g);print' gq149630.remap

(↓パイプ直結ver.)

$ remap genbank:GQ149630 stdout -enzymes all -sitelen 4 | perl -lane 'BEGIN{$starts[0]=0;$offset=0;$margin=0};END{foreach(@res){$_->[2]-=$margin, print @{$_}}};exit if(/^#/);$margin=$-[1],$offset+=$+[1]-$-[1],push @starts,$offset if(/^ +(-[-:|]*)/); push @res,[$starts[$#starts/2]," ",$-[0]," ",$#starts%2," ",$&] while($_ =~ m/(?<= |\|)[A-Z][a-z]\w+/g);print'

ワンライナー考えてみた(長いけど)。その7で使ってみた制限酵素切断地図を出力するremap、きれいに整形して出力してくれるのはうれしいけど、そんなんよりも表として出して整理したいんだ! という人もいると思うんよね。gq149630.remapは、その7で出力したデフォルトの設定状態での結果(パイプ直結版と同じ)。もっといい解あったらぜひご連絡を。

上のプログラムを通すと、下のように「シーケンスのオフセット」「切断位置の直前(Fw)または切断位置の直前(Rv)」「Fw(=0)かRv(=1)か」「制限酵素名」の4項目が出てくる。同じシーケンスのオフセットの中に、同名の制限酵素が最大2回出てくるので、1回目が上の段(3項目目が0)、2回目が下の段(3項目目が1)のものということで。次回はもうちょっと「らしく」しようかね。


0 11 0 SpeI
0 12 0 MaeI
0 26 0 FaiI
0 36 0 CviRI
0 15 0 TspDTI
0 28 0 FaiI
0 40 0 AciI
0 48 0 CviRI
0 59 0 FaiI
0 15 1 SpeI
0 28 1 FaiI
0 36 1 CviRI
0 42 1 AciI
0 48 1 CviRI
0 59 1 FaiI
0 14 1 MaeI
0 26 1 FaiI
0 13 1 TspDTI
60 8 0 SetI
60 11 0 FatI
60 33 0 AlwNI
60 44 0 TatI
60 12 0 CviAII
60 34 0 SfeI
... (省略) ...
1620 37 1 Hpy178III
1620 20 1 PasI
1620 20 1 SecI
1620 19 1 BseBI
1620 19 1 ScrFI
1680 1 0 Tsp4CI
1680 6 0 TscAI
1680 11 0 FaiI
1680 17 0 MseI
1680 2 1 Eco31I
1680 11 1 FaiI
1680 19 1 MseI
1680 2 1 BsmAI
1680 1 1 SfeI
1680 0 1 Tsp4CI

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投稿者 ただ : 21:06 | トラックバック (0) カテゴリー ; Perl , 生命科学 , プログラミングとか

2009年8月28日

SVGってどうなのよ

今月に入って相手をしなければならなくなった案件では、SVGを扱うことになったんやけどもSVGってどうなんやろうね?? XML形式でベクター画像が扱えるんで、悪いわけではないけど、なんというか時代に負けてる感じがしないでもない。MSにはVMLがあって、それを押したいがためにIEでは頑なに拒否られて、せっかくW3Cで認められても確たる地位を与えてもらえず…とか。それが最近のブラウザで出てきたCanvasにも追い上げられつつあったりなんかして、おまけにAdobeのSVGプラグインなんてのもあったけど今年からはそのサポートもなくなってしまい…。

というときにSVG周りを検索して見つかったのがsvgwebなるもの。SIEなんてのも日本人開発であるみたいなんやけど、svgwebはSVGのデータをFlashで表示してくれるということのようで。しかも開発はgoogle大先生ときた。

てなわけで、SVGの表示にsvgwebを使ってみたんやけども、単に表示するだけなら何の問題もなくできた。テキストタグがリンクで囲まれてるところがFlashではうまく都合よく解釈してくれなくてマウスカーソルがリンク形式にならんけど(テキストとして認識されるからIビームになる)。

問題は、SVGに埋め込まれた外部のJavascriptをうまいこと認識してくれないんよね。それで何日間格闘したことか。Firefoxとかの表示機能があるブラウザでは外部のJavascriptを読みに行ってちゃんと認識してくれて、関数をSVGのデータの外に出すことが出来るんやけど、IEで表示すると(というかFlashで表示すると)外部のJavascriptはまるっきり無視される。

Could you tell me the way how to load and call external javascript from svg using with svgweb?

と本気で書き(泣き)そうになった(数日前)。冠詞とか全然無視してるけどごめん。

なんとか気合でコードと制御構造を解読して外部のJavascriptでも認識するようにできた。難しかった。

上の2つは最後の難関でお世話になった。いや、これが結構重要なのよ。

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投稿者 ただ : 22:31 | トラックバック (0) カテゴリー ; プログラミング単語帳 , 仕事関係

2009年8月30日

20世紀少年 第3章

投票に、20世紀少年。

そんな日やった。前日は実家にいて、今日の昼過ぎに戻ってきて。投票もなぁ…入れるところといってもこっちの選挙区は特に波乱もないし。

ところどころの選挙管理委員がなんか評判よろしくないね、選挙権のない人に投票用紙渡したり、選挙権があるのに子ども扱いしたり。紙と誕生月だけでも十分機能するはずやのに、仕事しろよ。こんなんが原因で(1回使いきり)ICカードとかになったりしたらもうやってられない。

あと、選挙やった後にもらう紙切れって何なんやろうか。投票所に入ったときに、封筒を親切にも「もらいましょうか?」と邪魔にならないようにせっかく配慮してくれてはるのに、投票所から出るときにゴミになる投票済証が渡される。これこそ要らんと思うんやけど。費用としてはそんなにかからんのかも知れんけど、それでも支出を減らすならそこ削っていいでしょ。

20世紀少年はやっぱりレイトショーやったけど、今回は夏休みやったせいか、それとも前評判のせいか、余裕の貸切状態ではなかった。ショックやった…。おかげでD列なんていう前から4番目の席くらいしかなかったし。

映画自体は、今度はちゃんと付いて行けた。原作と違うという最後の部分も、なるほどなと思ったし。丁寧に片付けしたなと。

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投稿者 ただ : 23:59 | トラックバック (0) カテゴリー ; お出かけ

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