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2010年9月22日

Blast 2.2.24+のインストール(再)  このエントリーを含むはてなブックマーク 

一昨日からあれだけかけて、やっとBlast+(C++版)のインストールが終わったかと思いきやファイルのサイズが合計数GBなんてとんでもないことになってどうも不思議やったんやけど。会社の人に聞いてみたらデフォルトではデバッグモードで構成されてるとのこと…それをオフにせんとあかんのか。あぁ確かにPDFのマニュアルにもインストールのコマンドにデバッグモードをオフにしてる。
けど…その初期設定、なんかおかしくない?

$ ./configure --prefix=/usr/local --without-debug --with-mt --with-dll

とりあえず、デバッグモードの無効化と、マルチスレッド対応、動的リンクの有効化を指定してコンパイルさせたら、ファイルサイズは桁違いに。まぁそれでも60MB超やけども。ちなみに、C版ではあったblastallコマンドは"legacy_blast.pl blastall"と置換することでそのまま使用可能。formatdbはどこ行った?

$ ll -h /usr/local/bin/
合計 13M
-rwxr-xr-x. 1 root root 132K 2010-09-22 21:26 bdbloader_unit_test
-rwxr-xr-x. 1 root root 164K 2010-09-22 21:26 blast_format_unit_test
-rwxr-xr-x. 1 root root 238K 2010-09-22 21:26 blast_formatter
-rwxr-xr-x. 1 root root 241K 2010-09-22 21:26 blast_services_unit_test
-rwxr-xr-x. 1 root root 4.5M 2010-09-22 21:26 blast_unit_test
-rwxr-xr-x. 1 root root 96K 2010-09-22 21:26 blastdb_aliastool
-rwxr-xr-x. 1 root root 126K 2010-09-22 21:26 blastdb_format_unit_test
-rwxr-xr-x. 1 root root 157K 2010-09-22 21:26 blastdbcheck
-rwxr-xr-x. 1 root root 120K 2010-09-22 21:26 blastdbcmd
-rwxr-xr-x. 1 root root 918K 2010-09-22 21:26 blastinput_unit_test
-rwxr-xr-x. 1 root root 199K 2010-09-22 21:26 blastn
-rwxr-xr-x. 1 root root 199K 2010-09-22 21:26 blastp
-rwxr-xr-x. 1 root root 199K 2010-09-22 21:26 blastx
-rwxr-xr-x. 1 root root 65K 2010-09-22 21:26 convert2blastmask
-rwxr-xr-x. 1 root root 1.2M 2010-09-22 21:26 datatool
-rwxr-xr-x. 1 root root 50K 2010-09-22 21:26 dustmasker
-rwxr-xr-x. 1 root root 35K 2010-09-22 21:26 gene_info_reader
-rwxr-xr-x. 1 root root 141K 2010-09-22 21:26 gene_info_unit_test
-rwxr-xr-x. 1 root root 61K 2010-09-22 21:26 gumbelparams
-rwxr-xr-x. 1 root root 208K 2010-09-22 21:26 gumbelparams_unit_test
-rwxr-xr-x. 1 root root 51K 2010-09-22 21:26 legacy_blast.pl
-rwxr-xr-x. 1 root root 206K 2010-09-22 21:26 makeblastdb
-rwxr-xr-x. 1 root root 50K 2010-09-22 21:26 makembindex
-rwxr-xr-x. 1 root root 904K 2010-09-22 21:26 project_tree_builder
-rwxr-xr-x. 1 root root 234K 2010-09-22 21:26 psiblast
-rwxr-xr-x. 1 root root 199K 2010-09-22 21:26 rpsblast
-rwxr-xr-x. 1 root root 199K 2010-09-22 21:26 rpstblastn
-rwxr-xr-x. 1 root root 56K 2010-09-22 21:26 segmasker
-rwxr-xr-x. 1 root root 42K 2010-09-22 21:26 seqdb_demo
-rwxr-xr-x. 1 root root 783K 2010-09-22 21:26 seqdb_unit_test
-rwxr-xr-x. 1 root root 79K 2010-09-22 21:26 srsearch
-rwxr-xr-x. 1 root root 212K 2010-09-22 21:26 tblastn
-rwxr-xr-x. 1 root root 199K 2010-09-22 21:26 tblastx
-rwxr-xr-x. 1 root root 95K 2010-09-22 21:26 unit_test_fasta_ostream
-rwxr-xr-x. 1 root root 245K 2010-09-22 21:26 unit_test_seq_translator
-rwxr-xr-x. 1 root root 9.8K 2010-09-22 21:26 update_blastdb.pl
-rwxr-xr-x. 1 root root 117K 2010-09-22 21:26 windowmasker
-rwxr-xr-x. 1 root root 5.9K 2010-09-22 21:26 windowmasker_2.2.22_adapter.py
-rwxr-xr-x. 1 root root 407K 2010-09-22 21:26 writedb_unit_test


$ ll -h /usr/local/lib
合計 51M
-rw-r--r--. 1 root root 26K 2010-09-22 21:26 libaccess.so
-rw-r--r--. 1 root root 655K 2010-09-22 21:26 libalign_format.so
-rw-r--r--. 1 root root 360K 2010-09-22 21:26 libbiblio.so
-rw-r--r--. 1 root root 145K 2010-09-22 21:26 libbiotree.so
-rw-r--r--. 1 root root 583K 2010-09-22 21:26 libblast.so
-rw-r--r--. 1 root root 65K 2010-09-22 21:26 libblast_services.so
-rw-r--r--. 1 root root 101K 2010-09-22 21:26 libblastdb.so
-rw-r--r--. 1 root root 78K 2010-09-22 21:26 libblastdb_format.so
-rw-r--r--. 1 root root 497K 2010-09-22 21:26 libblastinput.so
-rw-r--r--. 1 root root 102K 2010-09-22 21:26 libblastxml.so
-rw-r--r--. 1 root root 598K 2010-09-22 21:26 libcdd.so
-rw-r--r--. 1 root root 236K 2010-09-22 21:26 libcn3d.so
-rw-r--r--. 1 root root 75K 2010-09-22 21:26 libcomposition_adjustment.so
-rw-r--r--. 1 root root 299K 2010-09-22 21:26 libconnect.so
-rw-r--r--. 1 root root 28K 2010-09-22 21:26 libconnext.so
-rw-r--r--. 1 root root 13K 2010-09-22 21:26 libconnssl.so
-rw-r--r--. 1 root root 38K 2010-09-22 21:26 libcreaders.so
-rw-r--r--. 1 root root 314K 2010-09-22 21:26 libdbapi.so
-rw-r--r--. 1 root root 1.6M 2010-09-22 21:26 libdbapi_driver-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.6M 2010-09-22 21:26 libdbapi_driver.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.1M 2010-09-22 21:26 libdbapi_driver.so
-rw-r--r--. 1 root root 533K 2010-09-22 21:26 libdocsum.so
-rw-r--r--. 1 root root 388K 2010-09-22 21:26 libentrez2.so
-rw-r--r--. 1 root root 65K 2010-09-22 21:26 libentrez2cli.so
-rw-r--r--. 1 root root 238K 2010-09-22 21:26 libentrezgene.so
-rw-r--r--. 1 root root 74K 2010-09-22 21:26 libfeatdef.so
-rw-r--r--. 1 root root 279K 2010-09-22 21:26 libgbseq.so
-rw-r--r--. 1 root root 86K 2010-09-22 21:26 libgene_info.so
-rw-r--r--. 1 root root 430K 2010-09-22 21:26 libgeneral.so
-rw-r--r--. 1 root root 416K 2010-09-22 21:26 libgenome_collection.so
-rw-r--r--. 1 root root 355K 2010-09-22 21:26 libgumbelparams.so
-rw-r--r--. 1 root root 242K 2010-09-22 21:26 libhomologene.so
-rw-r--r--. 1 root root 126K 2010-09-22 21:26 libid1.so
-rw-r--r--. 1 root root 48K 2010-09-22 21:26 libid1cli.so
-rw-r--r--. 1 root root 387K 2010-09-22 21:26 libid2.so
-rw-r--r--. 1 root root 517K 2010-09-22 21:26 libid2_split.so
-rw-r--r--. 1 root root 42K 2010-09-22 21:26 libid2cli.so
-rw-r--r--. 1 root root 282K 2010-09-22 21:26 libinsdseq.so
-rw-r--r--. 1 root root 40K 2010-09-22 21:26 libmedlars.so
-rw-r--r--. 1 root root 161K 2010-09-22 21:26 libmedline.so
-rw-r--r--. 1 root root 257K 2010-09-22 21:26 libmim.so
-rw-r--r--. 1 root root 86K 2010-09-22 21:26 libmla.so
-rw-r--r--. 1 root root 48K 2010-09-22 21:26 libmlacli.so
-rw-r--r--. 1 root root 1.2M 2010-09-22 21:26 libmmdb.so
-rw-r--r--. 1 root root 153K 2010-09-22 21:26 libncbi_xcache_dbapi-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 153K 2010-09-22 21:26 libncbi_xcache_dbapi.a
-rw-r--r--. 1 root root 116K 2010-09-22 21:26 libncbi_xcache_dbapi.so
-rw-r--r--. 1 root root 142K 2010-09-22 21:26 libncbi_xloader_blastdb.so
-rw-r--r--. 1 root root 151K 2010-09-22 21:26 libncbi_xloader_blastdb_rmt.so
-rw-r--r--. 1 root root 316K 2010-09-22 21:26 libncbi_xloader_genbank-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 316K 2010-09-22 21:26 libncbi_xloader_genbank.a
-rw-r--r--. 1 root root 258K 2010-09-22 21:26 libncbi_xloader_genbank.so
-rw-r--r--. 1 root root 1.1M 2010-09-22 21:26 libncbi_xreader-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.1M 2010-09-22 21:26 libncbi_xreader.a
-rw-r--r--. 1 root root 721K 2010-09-22 21:26 libncbi_xreader.so
-rw-r--r--. 1 root root 275K 2010-09-22 21:26 libncbi_xreader_cache-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 275K 2010-09-22 21:26 libncbi_xreader_cache.a
-rw-r--r--. 1 root root 194K 2010-09-22 21:26 libncbi_xreader_cache.so
-rw-r--r--. 1 root root 94K 2010-09-22 21:26 libncbi_xreader_gicache-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 94K 2010-09-22 21:26 libncbi_xreader_gicache.a
-rw-r--r--. 1 root root 83K 2010-09-22 21:26 libncbi_xreader_gicache.so
-rw-r--r--. 1 root root 161K 2010-09-22 21:26 libncbi_xreader_id1-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 161K 2010-09-22 21:26 libncbi_xreader_id1.a
-rw-r--r--. 1 root root 148K 2010-09-22 21:26 libncbi_xreader_id1.so
-rw-r--r--. 1 root root 108K 2010-09-22 21:26 libncbi_xreader_id2-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 108K 2010-09-22 21:26 libncbi_xreader_id2.a
-rw-r--r--. 1 root root 98K 2010-09-22 21:26 libncbi_xreader_id2.so
-rw-r--r--. 1 root root 204K 2010-09-22 21:26 libncbimime.so
-rw-r--r--. 1 root root 115K 2010-09-22 21:26 libobjprt.so
-rw-r--r--. 1 root root 506K 2010-09-22 21:26 libomssa.so
-rw-r--r--. 1 root root 355K 2010-09-22 21:26 libpcassay.so
-rw-r--r--. 1 root root 514K 2010-09-22 21:26 libpcsubstance.so
-rw-r--r--. 1 root root 187K 2010-09-22 21:26 libproj.so
-rw-r--r--. 1 root root 159K 2010-09-22 21:26 libpub.so
-rw-r--r--. 1 root root 44K 2010-09-22 21:26 libpubmed.so
-rw-r--r--. 1 root root 87K 2010-09-22 21:26 libremap.so
-rw-r--r--. 1 root root 50K 2010-09-22 21:26 libremapcli.so
-rw-r--r--. 1 root root 175K 2010-09-22 21:26 libscoremat.so
-rw-r--r--. 1 root root 4.3M 2010-09-22 21:26 libseq.so
-rw-r--r--. 1 root root 89K 2010-09-22 21:26 libseqcode.so
-rw-r--r--. 1 root root 892K 2010-09-22 21:26 libseqdb.so
-rw-r--r--. 1 root root 352K 2010-09-22 21:26 libseqedit.so
-rw-r--r--. 1 root root 64K 2010-09-22 21:26 libseqmasks_io.so
-rw-r--r--. 1 root root 140K 2010-09-22 21:26 libseqset.so
-rw-r--r--. 1 root root 459K 2010-09-22 21:26 libseqsplit.so
-rw-r--r--. 1 root root 68K 2010-09-22 21:26 libseqtest.so
-rw-r--r--. 1 root root 80K 2010-09-22 21:26 libsequtil.so
-rw-r--r--. 1 root root 119K 2010-09-22 21:26 libsubmit.so
-rw-r--r--. 1 root root 14K 2010-09-22 21:26 libtables.so
-rw-r--r--. 1 root root 286K 2010-09-22 21:26 libtaxon1.so
-rw-r--r--. 1 root root 159K 2010-09-22 21:26 libtaxon3.so
-rw-r--r--. 1 root root 464K 2010-09-22 21:26 libtest_boost.so
-rw-r--r--. 1 root root 27K 2010-09-22 21:26 libtest_mt.so
-rw-r--r--. 1 root root 41K 2010-09-22 21:26 libtinyseq.so
-rw-r--r--. 1 root root 240K 2010-09-22 21:26 libvalerr.so
-rw-r--r--. 1 root root 104K 2010-09-22 21:26 libvalid.so
-rw-r--r--. 1 root root 429K 2010-09-22 21:26 libwritedb.so
-rw-r--r--. 1 root root 220K 2010-09-22 21:26 libxalgoblastdbindex.so
-rw-r--r--. 1 root root 111K 2010-09-22 21:26 libxalgoblastdbindex_search.so
-rw-r--r--. 1 root root 30K 2010-09-22 21:26 libxalgodustmask.so
-rw-r--r--. 1 root root 298K 2010-09-22 21:26 libxalgowinmask.so
-rw-r--r--. 1 root root 626K 2010-09-22 21:26 libxalnmgr.so
-rw-r--r--. 1 root root 2.3M 2010-09-22 21:26 libxblast.so
-rw-r--r--. 1 root root 285K 2010-09-22 21:26 libxblastformat.so
-rw-r--r--. 1 root root 555K 2010-09-22 21:26 libxcgi.so
-rw-r--r--. 1 root root 828K 2010-09-22 21:26 libxcleanup.so
-rw-r--r--. 1 root root 399K 2010-09-22 21:26 libxcompress.so
-rw-r--r--. 1 root root 574K 2010-09-22 21:26 libxconnect.so
-rw-r--r--. 1 root root 71K 2010-09-22 21:26 libxconnext.so
-rw-r--r--. 1 root root 5.4K 2010-09-22 21:26 libxcser.so
-rw-r--r--. 1 root root 555K 2010-09-22 21:26 libxfcgi.so
-rw-r--r--. 1 root root 1.3M 2010-09-22 21:26 libxformat.so
-rw-r--r--. 1 root root 515K 2010-09-22 21:26 libxhtml.so
-rw-r--r--. 1 root root 2.1M 2010-09-22 21:26 libxncbi.so
-rw-r--r--. 1 root root 856K 2010-09-22 21:26 libxnetblast.so
-rw-r--r--. 1 root root 45K 2010-09-22 21:26 libxnetblastcli.so
-rw-r--r--. 1 root root 3.3M 2010-09-22 21:26 libxobjmgr.so
-rw-r--r--. 1 root root 1.2M 2010-09-22 21:26 libxobjread.so
-rw-r--r--. 1 root root 149K 2010-09-22 21:26 libxobjreadex.so
-rw-r--r--. 1 root root 28K 2010-09-22 21:26 libxobjsimple.so
-rw-r--r--. 1 root root 745K 2010-09-22 21:26 libxobjutil.so
-rw-r--r--. 1 root root 43K 2010-09-22 21:26 libxregexp.so
-rw-r--r--. 1 root root 1.6M 2010-09-22 21:26 libxser.so
-rw-r--r--. 1 root root 142K 2010-09-22 21:26 libxthrserv.so
-rw-r--r--. 1 root root 766K 2010-09-22 21:26 libxutil.so
-rw-r--r--. 1 root root 291K 2010-09-22 21:26 libxxconnect.so

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