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2010年9月21日
Blast 2.2.24+のインストール
なんか久しぶりにblastプログラムをダウンロードしてみようとしたら、"+"なんてのが付いてた。2.2.24+が最新らしいが…"+"ってなんじゃらほい。
A new article, BLAST+: architecture and applications, describes improvements for long sequences as well as other new BLAST features.
The BMC Bioinformatics article is available from http://www.biomedcentral.com/1471-2105/10/421/abstract and discusses changes to search chromsome length database sequences and long queries faster. The article also describes database masking, a more modular design, and new command-line applications.
どうやら染色体レベルの長い配列に対する検索やら長い配列での検索にも速度的な改善を施した新バージョンらしい。昨日、普通にconfigureしてインストールしたら、全然インストールが終わらないどころか、数GBしか用意してなかったVMは容量オーバーと言われてしまい。しゃあないから容量を拡張して(VMware Player 3になってからHDDの拡張がめちゃ楽になって素晴らしい!)再挑戦。
$ ll -h /usr/local/bin/
合計 3.5G
-rwxr-xr-x. 1 root root 101M 2010-09-21 19:48 bdbloader_unit_test
-rwxr-xr-x. 1 root root 139M 2010-09-21 19:48 blast_format_unit_test
-rwxr-xr-x. 1 root root 150M 2010-09-21 19:48 blast_formatter
-rwxr-xr-x. 1 root root 58M 2010-09-21 19:48 blast_services_unit_test
-rwxr-xr-x. 1 root root 158M 2010-09-21 19:49 blast_unit_test
-rwxr-xr-x. 1 root root 89M 2010-09-21 19:49 blastdb_aliastool
-rwxr-xr-x. 1 root root 92M 2010-09-21 19:49 blastdb_format_unit_test
-rwxr-xr-x. 1 root root 86M 2010-09-21 19:49 blastdbcheck
-rwxr-xr-x. 1 root root 132M 2010-09-21 19:49 blastdbcmd
-rwxr-xr-x. 1 root root 141M 2010-09-21 19:49 blastinput_unit_test
-rwxr-xr-x. 1 root root 150M 2010-09-21 19:49 blastn
-rwxr-xr-x. 1 root root 150M 2010-09-21 19:50 blastp
-rwxr-xr-x. 1 root root 150M 2010-09-21 19:50 blastx
-rwxr-xr-x. 1 root root 84M 2010-09-21 19:50 convert2blastmask
-rwxr-xr-x. 1 root root 25M 2010-09-21 19:50 datatool
-rwxr-xr-x. 1 root root 91M 2010-09-21 19:50 dustmasker
-rwxr-xr-x. 1 root root 8.9M 2010-09-21 19:50 gene_info_reader
-rwxr-xr-x. 1 root root 13M 2010-09-21 19:50 gene_info_unit_test
-rwxr-xr-x. 1 root root 10M 2010-09-21 19:50 gumbelparams
-rwxr-xr-x. 1 root root 14M 2010-09-21 19:50 gumbelparams_unit_test
-rwxr-xr-x. 1 root root 51K 2010-09-21 19:50 legacy_blast.pl
-rwxr-xr-x. 1 root root 97M 2010-09-21 19:50 makeblastdb
-rwxr-xr-x. 1 root root 92M 2010-09-21 19:50 makembindex
-rwxr-xr-x. 1 root root 15M 2010-09-21 19:50 project_tree_builder
-rwxr-xr-x. 1 root root 151M 2010-09-21 19:51 psiblast
-rwxr-xr-x. 1 root root 150M 2010-09-21 19:51 rpsblast
-rwxr-xr-x. 1 root root 150M 2010-09-21 19:51 rpstblastn
-rwxr-xr-x. 1 root root 91M 2010-09-21 19:51 segmasker
-rwxr-xr-x. 1 root root 84M 2010-09-21 19:51 seqdb_demo
-rwxr-xr-x. 1 root root 93M 2010-09-21 19:51 seqdb_unit_test
-rwxr-xr-x. 1 root root 84M 2010-09-21 19:52 srsearch
-rwxr-xr-x. 1 root root 151M 2010-09-21 19:52 tblastn
-rwxr-xr-x. 1 root root 150M 2010-09-21 19:52 tblastx
-rwxr-xr-x. 1 root root 83M 2010-09-21 19:52 unit_test_fasta_ostream
-rwxr-xr-x. 1 root root 84M 2010-09-21 19:52 unit_test_seq_translator
-rwxr-xr-x. 1 root root 9.8K 2010-09-21 19:52 update_blastdb.pl
-rwxr-xr-x. 1 root root 94M 2010-09-21 19:52 windowmasker
-rwxr-xr-x. 1 root root 5.9K 2010-09-21 19:52 windowmasker_2.2.22_adapter.py
-rwxr-xr-x. 1 root root 92M 2010-09-21 19:52 writedb_unit_test
3.5GB? しかも1つのファイルで100MBとか…どうなってんの。
$ ll -h /usr/local/lib
合計 1.3G
-rw-r--r--. 1 root root 343K 2010-09-21 19:52 libaccess-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 343K 2010-09-21 19:52 libaccess.a
-rw-r--r--. 1 root root 13M 2010-09-21 19:52 libalign_format-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 13M 2010-09-21 19:52 libalign_format.a
-rw-r--r--. 1 root root 2.8M 2010-09-21 19:52 libbiblio-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 2.8M 2010-09-21 19:52 libbiblio.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.6M 2010-09-21 19:52 libbiotree-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.6M 2010-09-21 19:52 libbiotree.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.6M 2010-09-21 19:52 libblast-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.6M 2010-09-21 19:52 libblast.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.1M 2010-09-21 19:52 libblast_services-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.1M 2010-09-21 19:52 libblast_services.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.1M 2010-09-21 19:52 libblastdb-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.1M 2010-09-21 19:52 libblastdb.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.3M 2010-09-21 19:52 libblastdb_format-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.3M 2010-09-21 19:52 libblastdb_format.a
-rw-r--r--. 1 root root 9.6M 2010-09-21 19:52 libblastinput-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 9.6M 2010-09-21 19:52 libblastinput.a
-rw-r--r--. 1 root root 942K 2010-09-21 19:52 libblastxml-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 942K 2010-09-21 19:52 libblastxml.a
-rw-r--r--. 1 root root 4.7M 2010-09-21 19:52 libcdd-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 4.7M 2010-09-21 19:52 libcdd.a
-rw-r--r--. 1 root root 2.0M 2010-09-21 19:52 libcn3d-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 2.0M 2010-09-21 19:52 libcn3d.a
-rw-r--r--. 1 root root 175K 2010-09-21 19:52 libcomposition_adjustment-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 175K 2010-09-21 19:52 libcomposition_adjustment.a
-rw-r--r--. 1 root root 969K 2010-09-21 19:52 libconnect-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 969K 2010-09-21 19:52 libconnect.a
-rw-r--r--. 1 root root 78K 2010-09-21 19:52 libconnext-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 78K 2010-09-21 19:52 libconnext.a
-rw-r--r--. 1 root root 25K 2010-09-21 19:52 libconnssl-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 25K 2010-09-21 19:52 libconnssl.a
-rw-r--r--. 1 root root 96K 2010-09-21 19:52 libcreaders-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 96K 2010-09-21 19:52 libcreaders.a
-rw-r--r--. 1 root root 5.3M 2010-09-21 19:52 libdbapi-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 5.3M 2010-09-21 19:52 libdbapi.a
-rw-r--r--. 1 root root 6.6M 2010-09-21 19:52 libdbapi_driver-dll.so
-rw-r--r--. 1 root root 12M 2010-09-21 19:52 libdbapi_driver-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 12M 2010-09-21 19:52 libdbapi_driver.a
-rw-r--r--. 1 root root 4.3M 2010-09-21 19:52 libdocsum-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 4.3M 2010-09-21 19:52 libdocsum.a
-rw-r--r--. 1 root root 2.9M 2010-09-21 19:52 libentrez2-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 2.9M 2010-09-21 19:52 libentrez2.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.1M 2010-09-21 19:52 libentrez2cli-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.1M 2010-09-21 19:52 libentrez2cli.a
-rw-r--r--. 1 root root 2.1M 2010-09-21 19:52 libentrezgene-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 2.1M 2010-09-21 19:52 libentrezgene.a
-rw-r--r--. 1 root root 738K 2010-09-21 19:52 libfeatdef-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 738K 2010-09-21 19:52 libfeatdef.a
-rw-r--r--. 1 root root 2.4M 2010-09-21 19:52 libgbseq-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 2.4M 2010-09-21 19:52 libgbseq.a
-rw-r--r--. 1 root root 883K 2010-09-21 19:52 libgene_info-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 883K 2010-09-21 19:52 libgene_info.a
-rw-r--r--. 1 root root 4.3M 2010-09-21 19:52 libgeneral-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 4.3M 2010-09-21 19:52 libgeneral.a
-rw-r--r--. 1 root root 4.1M 2010-09-21 19:52 libgenome_collection-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 4.1M 2010-09-21 19:52 libgenome_collection.a
-rw-r--r--. 1 root root 2.9M 2010-09-21 19:52 libgumbelparams-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 2.9M 2010-09-21 19:52 libgumbelparams.a
-rw-r--r--. 1 root root 2.3M 2010-09-21 19:52 libhomologene-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 2.3M 2010-09-21 19:52 libhomologene.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.1M 2010-09-21 19:52 libid1-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.1M 2010-09-21 19:52 libid1.a
-rw-r--r--. 1 root root 793K 2010-09-21 19:53 libid1cli-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 793K 2010-09-21 19:53 libid1cli.a
-rw-r--r--. 1 root root 2.8M 2010-09-21 19:53 libid2-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 2.8M 2010-09-21 19:53 libid2.a
-rw-r--r--. 1 root root 16M 2010-09-21 19:53 libid2_split-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 16M 2010-09-21 19:53 libid2_split.a
-rw-r--r--. 1 root root 674K 2010-09-21 19:53 libid2cli-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 674K 2010-09-21 19:53 libid2cli.a
-rw-r--r--. 1 root root 2.5M 2010-09-21 19:53 libinsdseq-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 2.5M 2010-09-21 19:53 libinsdseq.a
-rw-r--r--. 1 root root 454K 2010-09-21 19:53 libmedlars-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 454K 2010-09-21 19:53 libmedlars.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.6M 2010-09-21 19:53 libmedline-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.6M 2010-09-21 19:53 libmedline.a
-rw-r--r--. 1 root root 2.2M 2010-09-21 19:53 libmim-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 2.2M 2010-09-21 19:53 libmim.a
-rw-r--r--. 1 root root 701K 2010-09-21 19:53 libmla-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 701K 2010-09-21 19:53 libmla.a
-rw-r--r--. 1 root root 666K 2010-09-21 19:53 libmlacli-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 666K 2010-09-21 19:53 libmlacli.a
-rw-r--r--. 1 root root 9.7M 2010-09-21 19:53 libmmdb-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 9.7M 2010-09-21 19:53 libmmdb.a
-rw-r--r--. 1 root root 14M 2010-09-21 19:53 libncbi_xcache_dbapi-dll.so
-rw-r--r--. 1 root root 1.5M 2010-09-21 19:53 libncbi_xcache_dbapi-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.5M 2010-09-21 19:53 libncbi_xcache_dbapi.a
-rw-r--r--. 1 root root 2.7M 2010-09-21 19:53 libncbi_xloader_blastdb-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 2.7M 2010-09-21 19:53 libncbi_xloader_blastdb.a
-rw-r--r--. 1 root root 2.9M 2010-09-21 19:53 libncbi_xloader_blastdb_rmt-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 2.9M 2010-09-21 19:53 libncbi_xloader_blastdb_rmt.a
-rw-r--r--. 1 root root 3.4M 2010-09-21 19:53 libncbi_xloader_genbank-dll.so
-rw-r--r--. 1 root root 4.4M 2010-09-21 19:53 libncbi_xloader_genbank-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 4.4M 2010-09-21 19:53 libncbi_xloader_genbank.a
-rw-r--r--. 1 root root 7.3M 2010-09-21 19:53 libncbi_xreader-dll.so
-rw-r--r--. 1 root root 13M 2010-09-21 19:53 libncbi_xreader-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 13M 2010-09-21 19:53 libncbi_xreader.a
-rw-r--r--. 1 root root 2.5M 2010-09-21 19:53 libncbi_xreader_cache-dll.so
-rw-r--r--. 1 root root 3.8M 2010-09-21 19:53 libncbi_xreader_cache-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 3.8M 2010-09-21 19:53 libncbi_xreader_cache.a
-rw-r--r--. 1 root root 953K 2010-09-21 19:53 libncbi_xreader_gicache-dll.so
-rw-r--r--. 1 root root 1.2M 2010-09-21 19:53 libncbi_xreader_gicache-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.2M 2010-09-21 19:53 libncbi_xreader_gicache.a
-rw-r--r--. 1 root root 3.2M 2010-09-21 19:53 libncbi_xreader_id1-dll.so
-rw-r--r--. 1 root root 2.2M 2010-09-21 19:53 libncbi_xreader_id1-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 2.2M 2010-09-21 19:53 libncbi_xreader_id1.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.2M 2010-09-21 19:53 libncbi_xreader_id2-dll.so
-rw-r--r--. 1 root root 1.5M 2010-09-21 19:53 libncbi_xreader_id2-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.5M 2010-09-21 19:53 libncbi_xreader_id2.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.6M 2010-09-21 19:53 libncbimime-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.6M 2010-09-21 19:53 libncbimime.a
-rw-r--r--. 1 root root 925K 2010-09-21 19:53 libobjprt-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 925K 2010-09-21 19:53 libobjprt.a
-rw-r--r--. 1 root root 4.9M 2010-09-21 19:53 libomssa-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 4.9M 2010-09-21 19:53 libomssa.a
-rw-r--r--. 1 root root 3.0M 2010-09-21 19:53 libpcassay-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 3.0M 2010-09-21 19:53 libpcassay.a
-rw-r--r--. 1 root root 4.2M 2010-09-21 19:53 libpcsubstance-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 4.2M 2010-09-21 19:53 libpcsubstance.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.9M 2010-09-21 19:53 libproj-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.9M 2010-09-21 19:53 libproj.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.9M 2010-09-21 19:53 libpub-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.9M 2010-09-21 19:53 libpub.a
-rw-r--r--. 1 root root 480K 2010-09-21 19:53 libpubmed-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 480K 2010-09-21 19:53 libpubmed.a
-rw-r--r--. 1 root root 726K 2010-09-21 19:53 libremap-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 726K 2010-09-21 19:53 libremap.a
-rw-r--r--. 1 root root 903K 2010-09-21 19:53 libremapcli-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 903K 2010-09-21 19:53 libremapcli.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.7M 2010-09-21 19:53 libscoremat-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.7M 2010-09-21 19:53 libscoremat.a
-rw-r--r--. 1 root root 40M 2010-09-21 19:53 libseq-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 40M 2010-09-21 19:53 libseq.a
-rw-r--r--. 1 root root 932K 2010-09-21 19:53 libseqcode-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 932K 2010-09-21 19:53 libseqcode.a
-rw-r--r--. 1 root root 19M 2010-09-21 19:53 libseqdb-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 19M 2010-09-21 19:53 libseqdb.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.8M 2010-09-21 19:53 libseqedit-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.8M 2010-09-21 19:53 libseqedit.a
-rw-r--r--. 1 root root 2.4M 2010-09-21 19:53 libseqmasks_io-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 2.4M 2010-09-21 19:53 libseqmasks_io.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.6M 2010-09-21 19:53 libseqset-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 1.6M 2010-09-21 19:53 libseqset.a
-rw-r--r--. 1 root root 3.8M 2010-09-21 19:53 libseqsplit-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 3.8M 2010-09-21 19:53 libseqsplit.a
-rw-r--r--. 1 root root 642K 2010-09-21 19:53 libseqtest-static.a
-rw-r--r--. 1 root root 642K 2010-09-21 19:53 libseqtest.a
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ライブラリも1GB超えとか…なんなんだいったい。
By ただ at 22:46 カテゴリー ; 生命科学
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