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2010年10月 8日
構造式が見たいんだ!
分子の立体構造を見るソフトにJmolというのがあって、Jmolは確かにタンパク質やらフラーレンやらいい感じに3Dでレンダリングしてくれる。ライブラリとして使えば自動で画像に落とすなんてこともできる優れモノ。けど…2Dの化合物も強引に3Dで見せてくれるから「いやそれは白黒で見たいんですけど」て時は言うこと聞いてくれない。
Drawing 2-D Structures with Structure-CDK(ref. Depth-First)
structure-cdkを使えば、2Dの状態で出してくれる。一部分はJmolと同じライブラリが元になってるので簡単に画像になる…と思ったけどそう簡単ではないっぽかった。
import java.io.FileReader;
import org.openscience.cdk.io.MDLReader;
import org.openscience.cdk.interfaces.IMolecule;
import org.openscience.cdk.Molecule;
import net.sf.structure.cdk.util.ImageKit;
public void writePNG(String pathToMolfile, String pathToPNG) throws Exception
{
MDLReader mdlReader = new MDLReader(new FileReader(pathToMolfile));
IMolecule mol = (IMolecule) mdlReader.read(new Molecule());
ImageKit.writePNG(mol, 300, 300, pathToPNG);
}
Jmolではファイルの読み込み部分が洗練されてたけど、structure-cdkはとりあえずmol(sdf)形式を読み込むのにリーダーは厳密に指定しないといけない?
まぁ、表示されれば別に構いやしないけど。あとIAtomContainerはIMoleculeでいいなんてサンプル見ないときっと分からんだろうなと。
By ただ at 22:23 カテゴリー ; 生命科学
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