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2010年10月 3日
おいも おなす ふくろにつめこんで
数週間前に鍬を振りかざしたときには、まったくサツマイモが大きくなかったので「またおいで」と言われたので行ってきたんですが。昼から雨やっちゅうのに…。おかげで午前中に畑仕事を済ませてしまわねばならず実家に寄る時間帯も必然的に早くなる。
それなのに、LiveCDを作る実験やらしてる間に時計が午前4時とか(それは途中で寝たからやけど)、エウレカももう終わろうかという時間に。本格的に寝ることを決心して、起きたら8時半回ったところでちょっと安心。
で。収穫はこんなもんでした。間違えないでほしいんですが、ナスが異様にデカいんです(10月やで!?)。
また鍬を振ったら15分ぐらいで汗がダラダラ、息が上がる。こりゃそろそろ本気で考えないとほんまにヤバそうだ。サツマイモの出来がよくないなぁ…なんか僕が知ってるサツマイモのなり方とちょっと違うんよな。土が柔らかい深さのところで膨らんでくれたらええのに、鍬が入ってない畝の外側やら粘土層のある下へ下へと伸びてしまって鍬を入れると切れてしまううえに細いのばっかり。
その後ばあちゃんと本降りの雨の中ジャスコ=イオンまで買い物に。んー野菜(特にトマト)が高いのは知ってたけど、こりゃサツマイモも高くなるよな…。しばらく見ない間に鳴門金時1つ200円…100～130円ぐらいやったと思ってたのに(もちろん大きさは同じぐらいで)。
レジ済ませて帰ろうかと思って通ってたところで、思いがけず「丹波産コシヒカリ(新米)」が2,980円/10kgなんてのがあったからどうしようか数分考えて…買うことに決定。イズミヤがなくなってからは、家の近くじゃこの値段で絶対買えないし(しゃあないから家まで運ばなあかんことになったけど)。
１・２・３・４・ご・は・ん!
投稿者 ただ : 22:05 | トラックバック (0) カテゴリー ; お出かけ
2010年10月 4日
位置情報には気をつけよ
15人招待のつもりが2万人――ソーシャルメディアの恐怖(ref. ITmedia オルタナブログ通信)より、
Facebookが「巨大監視ビッグブラザー」の機能をして、我々は「全展望型監視パノプティコン」の深い中に入っていく(ref. 新倉茂彦の情報セキュリティAtoZ(ITmedia オルタナティブ・ブログ))
この前このブログでもちょっと触れたことがあった(Erbe 10.09.03)けど最近の携帯端末はGPSがくっついててそのうえ密に連携しよるからほんま怖いなと。Facebookは未設定の状態では公開されることは(今は)ないけど、Googleなんか「基本オープンにせぃ」とむしろ強要してるようなスタンスやから無益で悪人が得をするような情報ばっかりが溢れることにならんのかと不安になる。
僕は使ってないけど、ケータイのカメラとか特に。位置情報がEXIFに入ってるのに気付かず、部屋の中で撮った写真をブログに載せたりなんかしたときにはもう。出先とかはリアルタイムじゃなければ多少はぼかしが利くけど(それでも多少? 狙いをつけられてたらほぼ確実でしょ)。
Bluetoothなんかも危険な部類の1つ。Bluetoothで山手線の乗降パターンを追跡してみた(ref. 高木浩光＠自宅の日記)を読んでびっくりしたし(読んだときは別のキーワードで探してたのに)…あんなきれいに視覚化できるのかと。しかも同一人物をも認識できる。プリンターをワイヤレスで操作したりと便利に使われるBluetoothやけども、設定を間違えると自分の背中にプライスタグつけて歩いてるような辱めなことをしてることになる。
15人を招待するつもりが…についてはこれは不注意に分類されるんやろうけどもFacebookとTwitterとの組み合わせをうまく使われると狙いをつけてる側からすれば有益な情報源になるんやろうね、パズルのピースを巧く組んでいくように。逆に手玉に取るぐらいの度量がなけりゃこういうのには迂闊に手を広げたらあかんということなんでしょうか。
Twitterに違和感を覚える人々(ref. @IT自分戦略研究所)で指摘されているように、定期的に自分の周りにいるオンライン上の人たちを整理する必要があるのかも。まぁ僕には今のところそんなの関係ないですが。
かといって、うっかり書いてしまわないようにせんとあかんな。怖い怖い。
投稿者 ただ : 22:49 | トラックバック (0) カテゴリー ; mein Erbe
2010年10月 5日
久米島の サンゴ サンゴ サンゴ サンゴ
久米島のサンゴ群集は「ヤセミドリイシ」 最大級の規模(ref. asahi.com)
ノーベル賞受賞者の話題で持ちきりやったけども、敢えてこっちのほうに話題を振ってみたい。
これまでの調査で、群集は幅２００メートル、長さ１キロ以上にわたって断続的に広がっていることが判明。サンゴの骨格の形態や遺伝子解析などの手法で種類を調べたところ、ほとんどのサンゴがヤセミドリイシであること分かった。
サンゴって形態で分類するのがメインやろうとは思ってたけど、遺伝子でどれぐらい区別できるんだろうかと思ったのでゲノムが分かってるのってあるの?てところから確認してみた。
Acropora horrida(ヤセミドリイシ)の属するミドリイシ科(Acropora)をNCBI Taxonomyで見る(ちなみに、別のDB(WoRMS))と、ゲノムプロジェクトは2つしかなく、完全長が分かっているのはAcropora tenuis mitochondrion…つまりミトコンドリアゲノムだけってことです。16S rRNAで分かるのかなぁと思ったけど、登録されてる塩基配列を見ると、登録されてなくて、NADH脱水酵素とPaxCだけでしかもNADH脱水酵素のほうはミトコンドリアのやつやから実質PaxCだけやん…。
登録されてない遺伝子があるんだろうか。
投稿者 ただ : 20:53 | トラックバック (0) カテゴリー ; 生命科学
2010年10月 6日
MEME - Motif-based sequence analysis tools
サンゴ礁の話にちなんで、遺伝子情報に基づいて遺伝子の機能を推定したり分類するのに役立つツールを1つ。DNA配列とかAA配列をもとに相同性検索を行うBLAST以外にも、AA配列の並びが高次構造をとって機能するのに重要な配列=モチーフについて解析を行うMEME(ミーム)。
The MEME Suite - Motif-based sequence analysis tools
ABSTRACTThe algorithm described in this paper discovers one or more motifs in a collection of DNA or protein sequences by using the technique of expectation maximization to fit a two-component finite mixture model to the set of sequences. Multiple motifs are found by fitting a mixture model to the data, probabilistically erasing the occurrences of the motif thus found, and repeating the process to find successive motifs. The algorithm requires only a set of unaligned sequences and a number specifying the width of the motifs as input. It returns a model of each motif and a threshold which together can be used as a Bayes-optimal classifier for searching for occurrences of the motif in other databases. The algorithm estimates how many times each motif occurs in each sequence in the dataset and outputs an alignment of the occurrences of the motif. The algorithm is capable of discovering several different motifs with differing numbers of occurrences in a single dataset.
パッケージされている各種ツールの文献:
http://meme.nbcr.net/meme4_4_0/doc/cite.html
- http://meme.nbcr.net/meme4_4_0/doc/overview.html
- http://meme.nbcr.net/meme4_4_0/doc/meme-install.html
- http://meme.nbcr.net/meme4_4_0/doc/meme.html
MEMEの原理としてはEMアルゴリズムを使ってテキストが一番似ているところを探し出すんやけど…これはまた今度詳しく見よう。とりあえず使ってみる。
インストールは上のドキュメントを参考に。
$ ./configure --prefix=$HOME/local --with-url="http://www.nbcr.net/"
$ patch -p0 < meme_4.4.0.patch_{1..7}
$ make
$ make install
これでインストールできる。makeの前にパッチをソースを展開した先のディレクトリトップにコピーしておいて、パッチを充てる作業があるけどドキュメントにはないからそこだけ気を付ける。データベースも同様に展開とコピー・makeをやって、memeのドキュメント見てコマンド実行。
$ wget "http://meme.nbcr.net/meme4_4_0/doc/lipo.fasta"
$ meme lipo.fasta
サンプルとして使ったFASTA以外でやりたかったけど…手抜きしてごめん。
meme_out/meme.htmlに結果がHTML形式で、meme_out/meme.txtにテキストで出力される。しかしコマンドオプションも奥が深そうなんよなー。
あと、memeの実行にはcsh(Cシェル)が必要なのでbashしか入ってないときは yum install tcsh (Fedora/CentOS)で cshを入れる。
投稿者 ただ : 22:44 | トラックバック (0) カテゴリー ; 生命科学
2010年10月 8日
構造式が見たいんだ!
分子の立体構造を見るソフトにJmolというのがあって、Jmolは確かにタンパク質やらフラーレンやらいい感じに3Dでレンダリングしてくれる。ライブラリとして使えば自動で画像に落とすなんてこともできる優れモノ。けど…2Dの化合物も強引に3Dで見せてくれるから「いやそれは白黒で見たいんですけど」て時は言うこと聞いてくれない。
Drawing 2-D Structures with Structure-CDK(ref. Depth-First)
structure-cdkを使えば、2Dの状態で出してくれる。一部分はJmolと同じライブラリが元になってるので簡単に画像になる…と思ったけどそう簡単ではないっぽかった。
import java.io.FileReader;
import org.openscience.cdk.io.MDLReader;
import org.openscience.cdk.interfaces.IMolecule;
import org.openscience.cdk.Molecule;
import net.sf.structure.cdk.util.ImageKit;
public void writePNG(String pathToMolfile, String pathToPNG) throws Exception
{
MDLReader mdlReader = new MDLReader(new FileReader(pathToMolfile));
IMolecule mol = (IMolecule) mdlReader.read(new Molecule());
ImageKit.writePNG(mol, 300, 300, pathToPNG);
}
Jmolではファイルの読み込み部分が洗練されてたけど、structure-cdkはとりあえずmol(sdf)形式を読み込むのにリーダーは厳密に指定しないといけない?
まぁ、表示されれば別に構いやしないけど。あとIAtomContainerはIMoleculeでいいなんてサンプル見ないときっと分からんだろうなと。
投稿者 ただ : 22:23 | トラックバック (0) カテゴリー ; 生命科学
2010年10月10日
晴れの特異日
特異日って恐ろしい。昨日は雨降って寒かったかと思えば、今日は暑し。そんな今日は友人の結婚式へ…。同じグループで呼ばれたほかの3人とは数年ぶりに会うわけで、盛り上がらないわけがない。やかましいと言われてもおかしくないぐらいに行きのバスからはしゃいでた気がする。
豪華な食事に新郎x新婦x新郎の同僚さんのダンス(Perfume)の披露から、新婦の友人さん2人のハッピーサマーウェディングと、驚嘆・笑撃・感動・涙(?)の連続でかなり楽しかった。特にハッピーサマーウェディングはクオリティ高過ぎ(衣装の本格さもさることながらダンスがフツーにうまい)。
そして2次会は梅田のグランド白楽天という中国料理店で。高い(いろんな意味で)。夜景もきれいやし、8月に新郎から不安だと言われてたけど、なかなか楽しかった。
投稿者 ただ : 22:22 | トラックバック (0) カテゴリー ; お出かけ
2010年10月14日
gmail フィルターx転送でひと思案
gmailはかなりの率でスパムメールをブロックしてくれるので重宝してます。もうさくらのspamassignなんて比じゃない(どんな設定になってるのか分からないけど)。なもんで、さくらに届くメールを一回gmailに転送して、それを再度転送し直すなんてことをやってるんですが。メールボックスを無料で複数作れるさくらだからこその贅沢です。
これまでは単純に来るメール全部を右から左へ受け流してればよかったけど、どうもXPERIAの「Eメール」とやらはアカウントを複数登録できても送信時に個別のメールに対して送信元(Fromヘッダ)を指定できないようなので一部のメールは転送せずに残しとかんとあかんみたいで…。
gmailで転送するメールを選択するにはフィルター機能を使えばいいわけやけど、フィルターを使うと自動転送は使えなくなる。そして、これが一番のくせ者やけど、フィルターを使って転送の設定をすると迷惑メールをブロックしてくれない。「受信トレイをスキップ」というのがもれなくセットでついてくるから。スキップしてほしくないのに。転送だけじゃなく「削除」もまたしかり。
というわけで、迷惑メールを除去したいがためだけのgmailアカウントを増設。これでいいのかは別として目的は達した。
投稿者 ただ : 21:49 | トラックバック (0) カテゴリー ; mein Erbe
2010年10月15日
大学は二分化するべきなんじゃ
大学への進学率も高くて、そして入ってしまえば出ることも比較的簡単な日本の大学・大学院。ドクターを取るのも最近ではポスドク増員計画の影響もあってか至難ではなくなってきているようで(難しいことには変わりない)、ポスドクの就職難の問題が近年のリーマンショック以降の新卒就職氷河期に並行して浮上してきている。
就職難に対して政府は新卒採用として見なす期間を卒業後3年間にしようとしたり、さらには新卒採用をするのに補助金まで出そうとしている。お金がないから雇えないのか、仕事に見合った人材じゃないから雇えないのか、それによってはこの政策は無意味で税金の無駄遣いにしかならない。
しかも新卒は新卒でも、ポスドクはすでに新卒とは呼べそうにないレベルと言える(年齢的にも、キャリア的にも)。ドクターとして卒業する頃にはすでに、同年齢の人たちはグループを仕切っているような立場にあることもまれではない。個人戦の色が強い後期博士課程を乗り越えた人たちにとっては、もはや体が単独で生きていくように鍛えられた状態に等しい。この点をみると、企業側からすれば「扱いにくい」という側面があるのかもしれない。しかしもちろんボスに従い後輩を指導する必要があるわけなので何もかもひとりというわけではないんだが…そういうところが世間にはあまり見えていないということなのだろうか。
学歴がどうとか、言う人は言うけど、気にしない人は気にしない。そういう世の中なんだから、ドクター取ったからって必ずしも高給取りになるわけではないんだから、大学院には本当に行きたい人が行ったらいいと思う。個人的には、学歴はある意味指標になると思う。学歴が必要な仕事もあれば必要ない仕事もある。
日本国中に多数存在する大学、本当にこれらは必要なのかどうかも怪しい。次から次へと生れ出るポスドクの受け皿になる大学が要るのかもしれないけど…そんなもののために本当に優秀な人材が活かされないのだとすればこの国の先はないだろう。早期就職用の教養大学と、本当に研究をやりたい人向けの大学に分かれていくのがこれからの少子化の世界で日本が実力を維持するのに起こりうることなんじゃないかなと思う。そして、そうしないとたぶん世界で生き残っていけない。(そういった大学院はあっても大学はまだない)
大学から大学院を受けて、という流れを変えないといけないんじゃないかと思う。大学院に受かっても大学と同じような制度の中で生きているんじゃ、今のような上の世代ががちがちに固めた世の中では不幸が続くだけのように思う。
なんかこの件に関してパブコメ出せとか頼まれたりしたけど、どう転ばしたらええのだろうか。
投稿者 ただ : 07:08 | トラックバック (0) カテゴリー ; mein Erbe
2010年10月16日
フェイスブック同時オン会
フェイスブック同時オン会なるものに参加してみた。もともと主催者のamachangさんには友達申請して承諾もらっていたので事前のイベント告知からいただいていて、その時は未定としてたんですが…15日は東京まで出張行って日帰り往復だったので…見れたら見ようという気合レベルだったのです。
検索するといろいろ出てくる。
ふと時計を見たら20時回ったころで、たまたまPCつけてたのでアクセスしてみたら、もうすでにえらいことに。乾杯のラッシュやった。リロードするたびに追えないぐらいの量の書き込みが増えててかなりの衝撃やった。ツイッターのフォローミー祭りとか、昔のパソ通時代とか、似たようなことはあったらしいけど、そういうの知らないので、この新鮮さはこれまでなかった。
ま、やることは丁寧に案内されていて、ひたすら「いいね!」を押したり友達申請をしまくろうということなので、瞬く間に(というかリアルタイムに画面が更新されるわけではないけど)「いいね!」の件数が増えていくわ、逆に「いいね!」が押されると左下からポップアップが現れる(こっちはリアルタイム)。このリアルタイムにポップアップが出てくるところがミソで、短時間に何度もポップアップが現れると怒涛のように左側がポップアップで埋まっていく。「左下爆発」と表現されるのも頷ける。
いったん、「いいね!」を押したり押されたりすると、しかも一気に大量にするとなると、これまで心のどこかにあった「いいんかな?」という躊躇いが一気に融解していくのが実感できる。「みんなで渡れば怖くない」的な、正の「Broken window」現象と言えばいいのか、そんな雰囲気が漂っていた。そして、参加者は最終的に2000人を超えた…同時に参加していた最大人数は分からないけど、少なくとも1000人が同時に参加していたんじゃないかと思う。普通の宴会とかで、1会場に1000人で飲み会することなんてまずあり得ない。スペース的にも無理やし、何しろ収拾つかない。実際、投稿の内容は書きたい放題書いてる一方通行的なものも多かったけど、25時前後になると投稿の頻度が落ち着いてきて内容のある投稿(タモリ倶楽部の実況とか?)が増えてきた感じがあった。本当は「グループ」のページがあって、落ち着いた話はそっちでできるようになってたみたいやけど、あんまりそっちのほうに行った人は多くなかったように思う…メインのストリームと両方追うのがかなりしんどいからかな?
その後、結局26時過ぎたあたりでドロップアウトしたけど、次の日以降も余韻というか興奮冷めやらぬ感覚があって、Facebookの投稿を見るたびに「いいね!」を押してしまいたくなる感覚に襲われたり、普通のブログ記事でも、ツイートを見ても「いいね!」を押したくなる(あれば)衝動に駆られる。代わりに心の中で「いいね!」と言うけど。TwitterのTLを見て、「いいね!」のリンクを探してしまうということを書き込んだ方がいたけど、まさにその気持ちがわかる。
承認欲求というか、認められたい、と思うからではなくて、見返りを求めるのでもなく、ただ単に「いいやん」と言いたいがために「いいね!」をクリックしたくなる。たぶん、これが本当に仕事で人前でできれば人格的にはもう社長クラスなんやろうけどね…。
それにしても、短期間の投稿制限を5回も受けたamachangさんはぼろぼろになりながらも最後まで世話係大変やったんちゃうかなと思う。きっとデイトレーダーっぽく何個もディスプレイがあって、各画面のブラウザを時間差でリロードするようにスクリプト作って常にウォッチしてたんだろうな…と妄想してみる。
もーほんま身を以てFacebookの楽しさを爆発させた あまちゃん最高! です。
投稿者 ただ : 19:37 | トラックバック (0) カテゴリー ; mein Erbe
2010年10月17日
Fedoraの自作LiveCDからインストールができない
何週間か前から頑張ってたんやけど、ムリ。ということで結論が出ました。
やろうとしたこと:
Fedora12のLiveCD(iso)を作って、VMにインストールする。
で、Fedora12のLiveCDをlivecd-toolsを使って作ったら、「ハードディスクにインストール」をダブルクリックしても何も起こらない。SELinuxが問題なのかどうかは不明。
改めてやろうとしたこと:
Fedora13のLiveCD(iso)を作って、VMにインストールする。
今度は、インストーラは起動した。そのまま進めると、ハードディスクを選ぶところでanacondaのバグにより撃沈。
DBusException: org.freedesktop.DBus.Error.AccessDenied: Interface "org.freedesktop.NetworkManager.Device.Wired" isn't exported (or may not exist), can't access property "HwAddress"
Fedora12からFedora13のLiveCDを作ったり、Fedora13からFedora12のLiveCDを作ったりしたけど、結局どれもダメ(転送されるRPMだけの問題やろうし)。一回Fedora13からCentOS5.5のLiveCDを作ってみようとしたけど、ちょっと怪しげやったからやめた。
投稿者 ただ : 23:13 | トラックバック (0) カテゴリー ; プログラミングとか
2010年10月24日
Android話で丸山先生を囲む会
日本Androidの会神戸支部として、なんと丸山先生をお迎えして講演会を開くというイベントが行えるなんて。これも会場となっている神戸情報大学院大学の田村先生のお力あってこそ…なんですが。一応支部の人として絡んでたので、雑用しました。受付とかやるのなんてGIの活動以来だったようなそんな気が。
タッチアンドトライ面白かった…IS03とか触るとか。
ふーん、WAVフォーマットで音声流せるのか…WAVの復習せんとなぁ。
投稿者 ただ : 20:25 | トラックバック (0) カテゴリー ; お出かけ
2010年10月27日
ffmpegでjpeg→flv
動画をFlash video形式にして、時間を限定して指定した位置にコメントを出すにはどうすればいいんやろうか…というふとした思いつきにより、まずは画像をパラパラアニメのように動画にするところからやってみようと。
ffmpegのインストールまでは楽に終了(非RPM)。やねんけど、使い方をいまいち理解できず。"-i"オプションでワイルドカード使ってJPEGファイルを指定しても全然動画になってくれない。出力されたflvファイルは1つの画像しか入ってない…。
複数の画像を指定するときは%dとか使う必要があるっぽいようなことが書いてあるんやけど…それって連番でないといけないってこと?
次に困ったのは、動画の速度を変える方法がわからんかった。
日記/2007-11-08/ffmpeg で動画の速度変換(ref. BAK)
ここを見て、ようやく出力側の速度("-r")を指定するんではなくて入力側の速度を指定することに気が付いた。
#!/bin/sh
cd `dirname $0`
mkdir tmp
x=1
for f in $(ls $1); do cp "$f" "tmp/img$x.jpg"; x=`expr $x + 1`; doneffmpeg -r 4 -i tmp/img%d.jpg -f flv -vcodec flv -an -qscale 12 output.flv
rm -rf tmp
exit
ということで出来上がったスクリプト。$1にファイル(ワイルドカード)を指定するとソートされた状態で連番が付けられて、4fps(=1秒に4枚)のflvが出力されると。
タイムラプスの動画作りの時にこの方法を知ってればなぁ…。
投稿者 ただ : 23:01 | トラックバック (0) カテゴリー ; プログラミングとか
2010年10月28日
中国でDNAチップとかかなり儲かりそう
最近のライフサイエンス関連(?)のニュースまとめて。
- 学会「遺伝子で性格判断」に警鐘 科学的に未確認(ref. 神戸新聞)
- 劣性遺伝子の仕組み解明 病気に強い作物に期待
- 鹿島「甘草」の水耕栽培に成功 遺伝資源の国内確保に道
- 地震予測のプログラム競う Ｍ４～５では高精度
- 思考だけでパソコン操作も 米大学が脳の信号研究
- 細菌解析ＤＮＡチップ、中国に出荷 エコジェノミクス(ref. 日経)
遺伝子で性格判断とか…もし仮に要素1つ1つが遺伝子に対応してるとしてても組み合わせはほぼ無限大と言ってもいいくらいデカい数字になるやろうし。宝くじの組み合わせよりも少ないのかもしれないけど、それでもまるっきり同じ性格の人と会うことはまずないやろうね…。
劣性遺伝子の抑制システムは面白いと思った。活性化しないように抑え込むんやね。
あと最後に1つ、DNAチップはまだまだこれからがありそう。特に新興国とかターゲットにしたら。
投稿者 ただ : 20:03 | トラックバック (0) カテゴリー ; 生命科学 , News
